按照《城镇集体所有制企业条例》第四条规定，“城镇集体所有制企业是财产属于劳动群众集体所有、实行共同劳动、在分配方式上以按劳分配为主体的社会主义经济组织”，但实际上一些地方政府和有关部门，仍然直接管理和控制城镇集体企业。
一是直接控制企业经理人事，由政府或有关部门任命的法定代表人。《城镇集体所有制企业条例》规定，集体企业职工(代表)大会是集体企业的权力机构，集体企业厂长(经理)由企业职工代表大会选举或者招聘产生。但据1999年中国企业家调查系统的统计，集体企业法定代表人60.9%是主管部门任命。不少地方出现了不经过职工代表大会的同意随意更换企业领导人，有的甚至利用掌握的人事权，强制免去带领职工实行企业改制的厂长，另派人取而代之并在工商局办理变更登记等问题，有的地方还出现将集体企业产权转让收入纳入地方财政收入经常性开支。
一份《研究报告》提到的“华晟事件” 就是主办单位违反《条例》规定，严重侵权的事例。华晟公司是某市石油化工总厂批准组建的集体企业。企业职工主要是下岗后再就业的中年职工和中专技校毕业的青年。华晟在成立时曾向石化总厂借款注册，但借款不能出资，故写成拨款，以后华晟还了这笔钱。因此，石油化工总厂对华晟公司无产权关系，也无管理权责。 1999年初，石化总厂以曾经“拨款出资”等为由，单方面认定华晟公司的产权归它所有，在6月份不经职代会同意，撤换华晟的法定代表人，接管其财务和业务，以后又让华晟公司歇业，但不予安置职工。职工不同意，要求进行产权界定。2000年4月经财政部鉴定华晟公司资产为集体资产以后，石化总厂仍强行接管其财产和经营业务，冻结其银行帐号，迫使企业停业。从许多集体企业与扶办单位发生纠纷的事例看，一般是初期两者间法律、经济关系不太规范，以后扶办单位往往以此为由，甚至置权威部门的产权界定不顾，侵占集体企业资产。目前，华晟事件已诉讼法律，但至今尚未解决问题。
另一个案例是某市一家汽车服务公司，1990年公司创办时，租赁国有公司的车辆，组建一个出租车队。当时双方签定合同，明确在出租方收回全部租金和管理费用后，车辆的产权归承租方——出租车队所有。1993年，出租车队全部还清国有企业的费用。 1998年7月，市国资办、集体企业产权界定办和清产核资办经过界定也确认服务公司中无国有资产，至此，服务公司的产权归属已经十分明确。但是1999年 6月，当服务公司职工大会作出决议，一致要求进行股份合作制改革，将公司改组为全体职工出资入股的合作公司时，曾经扶办过的国有企业却认为汽车服务公司的资产是国有资产，不同意其进行改制。要重新界定产权，然后将服务公司卖掉。此举，引起职工反对，全厂哗然，企业陷入混乱状态。在2000年10月，该公司已被扶办的国有企业卖掉，所得价款除小部分用于“买断职工工龄”外，余额归上级所有。
某市依达羊毛衫厂，是1981 组建的独立核算、自负盈亏的集体企业。1994年与外商合资成立了新的有限公司，取得了自营出口权，产品远销十几个国家和地区，取得了良好的社会效益和经济效益。但是，1997年在上级公司市针棉织品进出口集团公司(简称针织公司)在改制进行清产核资时，由于羊毛衫厂与上级公司曾有过借贷关系(借款已还)和贷款担保关系，针织公司强行将羊毛衫厂的集体资产界定为国有资产，要把合资企业的资产全部划归到集团公司，作为其改制成为有限责任公司的注册资金。这种做法侵害了集体企业和职工的合法权益。企业职工拒不接受，并进行抵制。为此，针织公司冻结了对羊毛衫的用章;撤消了银行贷款的信用担保;扣压了报关证;并强行撤换了由职工代表大会选举聘用的羊毛衫厂经理。
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