自清华大学出版社被列为首批转企改制试点单位以来，清华大学对于出版社体制改革工作高度重视，转企工作及时启动推进顺利，2003年6月11日，清华大学第15次校会议讨论通过，清华大学出资主办清华大学出版社，注册资金1.5亿元，经济性质全民所有制。随后，2004年4月清华大学出版社顺利完成企业法人登记注册，实现国有资产授权经营。
与此同时，在学校的积极支持下，出版社完善了法人治理结构，企业成为市场经营主体。改革后的出版社按照现代企业制度，实行法人治理结构，由学校作为股东派出董事会，董事会任命社长，社长提名经营班子。学校以投入全部资产为限对出版社承担有限责任，出版社实行独立核算、自主经营，自负盈亏，独立承担经济和民事责任，社长对董事会负责，实现所有权、经营权分开，按照公司法不干预企业生产经营活动。
据介绍，改制后出版社通过市场运作，企业经营合法性得到保证，发展壮大有法可依。使出版社得到了快速发展，学校的利益也得到了最大的保证。与此同时，转制后企业的合法性得到保证，并可以实行多方拓展。出版社在产权分明的情况下，可以通过投资、融资，拓展新领域，甚至可以实现跨地区、跨行业、跨媒体经营，不断开创发展新局面，不断使出版社做大做强，实现跨越式发展。由于转制以后出版社经营活动受社会监督，财务税收接受社会审计，学校作为投资者也能依法取得投资回报。
对出版社来说，产权和员工安置问题是改革中遇到的主要问题。为此，清华大学出版社在改革中，首先明确国有资产授权，明确国有资产管理者，确保国有资产的保值增值。出版社通过审计事务所对出版社进行全面财务审计，完成清产核资，明确清华大学划转投入清华大学出版社国有资产，作为实现授权经营的基础，并在每个财务年度及时考核国有经营性资产的效益和增值情况。
在实现了国有资产授权经营后，出版社逐步建立起现代企业制度，管理进一步规范。改制以后，出版社内部管理制度完全按照企业要求来进行制定，出版社按照规划目标成立了六个分社，分别给予更多的自主经营权。此外，按照企业重新规划企业薪酬体系，打破了铁饭碗，充分调动了员工积极性，真正实现了干部按业绩可上可下，工资按效益可高可低，职工按合同可进可出。
在人员安置上，按照国家政策规定，在企业工作的事业编制员工，出版社实行了老人老办法，新人新办法的原则，即事业编制的人员在出版社所有的工资、奖金这些收入，完成是按照出版社内部的企业薪酬体系来进行，虽然事业编制还有一套系列，但那一部分是虚拟进行，退休以后回到学校享受事业各种福利。这样出版社员工要以企业依法签订劳动合同，不再享受学校工资福利待遇，按照企业工资福利标准执行，医疗、工伤、失业养老等问题按学校规定解决。企业编制人员按国家有关规定参加医疗、失业、养老、工伤等保险，由出版社缴纳规定的保险和住房公积金。据介绍，目前出版社共有员工400人，事业编制人员37人，接近10%，随着一些老同志的退休，事业编制人数还在逐年减少。
“体制改革对于大学出版社来说既是管理体制转化，也是思想观念转变，这种转变是一种创新原动力，有利于促进企业可持续发展。”清华大学出版社有关负责人如是说。在改革中，出版社一方面抓紧制订出版社发展战略，确定新的发展方向，并提出了品牌化、国际化、数字化发展战略。另一方面，通过完善内部管理体制，提高了员工的工作积极性。改制以后由于实行了全额成本核算，面向市场，工资总额与效益挂钩，极大地调动广大员工工作积极性，选题图书结构得到优化，发货码洋从2003年的5.8亿元增加到2007年的近9亿元，效益显著提高。
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