1、公司自身的法人治理结构未获改变。这表现在多数国有企业的改制上市上，此类企业改制上市后，并未就治理结构进行较彻底的改造，仍沿用原有的国有企业体制运行，上市公司只不过是母公司(集团公司)的一个下属公司而已，与其他的下属公司并无两样，仅在形式上组织设立一个董事会、监事会，但在实际运行当中，集团公司的经理办公会就起到上市公司董事会作用;甚至有些上市公司根本就未召开过正式的独立的董事会，只是由董事会秘书制作贯彻大股东(集团公司)意图的文件(包括公告文件)而已。这种先天性的缺陷，正是公司在上市后法人治理结构和治理机制严重缺失的根本原因。
2、上市公司与大股东之间的违规关联交易。上市公司在上市之前或上市之后，均与大股东(母公司)存在着千丝万缕的关系。除了资本控制关系外，还有生产经营等方面的关联关系，甚至在组织机构、人员、财务及产、供、销等方面均未有完全分开，造成大量持续性的关联交易 。关联交易可造成上市公司大量流动资金被大股东(母公司)长期占用。另外，大股东(母公司)还令上市公司为其贷款提供担保、抵押等，间接造成对上市公司资产的占用。上述不规范严重侵害上市公司利益的关联交易，对上市公司的经营造成巨大困难。
3、上市公司对募股资金的使用权问题。许多上市公司在发行成功后，由于申报、募股资金投资项目的不成熟或项目因政策或环境的改变而失去投资价值等诸多原因，而造成大量募股资金滞留，不能及时产生效益;迫于盈利压力，便使处于该情形中的上市公司将部分募股资金或绝大部分募股资金委托其他投资机构理财，用于证券等高风险投资，这方面的投资往往造成巨大损失，在上市公司生产经营急需资金时，却不能及时足额从证券市场上抽回该部分委托理财的资金。
4、管理层投资决策上的失误。上市公司在上市后将大笔资金用于投资多种行业，有的甚至改变了原主营业务，最终因盲目扩张或所投资的项目并不是本公司擅长的项目等诸多原因，造成投资失误。
5、大股东占用资金问题。现实中，许多上市公司的募股资金均存在或多或少被大股东占用情形。而在正常往来或非经营过程中，还会发生贷款或其他资金被大股东占用现象。大股东的该等情形的占用金额有时甚至超过了上市公司的净资产总额(如ST春都)，这也是造成大量上市公司连续亏损的主要原因之一。综观现时的证券市场上的“ST”类上市公司，其中被大股东长期占用巨额资金不归还的占大比例。
