合伙企业的生产经营所得和其他所得，由合伙人分别缴纳所得税。
一般观点认为，合伙企业的所得税负担轻于公司制企业。理由是：对作为投资人的自然人在税收成本上有一定差别，公司制企业存在企业所得税双重征税问题，而合伙企业只对合伙人征收一重所得税。
《合伙企业法》、新《企业所得税法》以及新《企业所得税法实施条例》均明确境内合伙企业不征收企业所得税，而早在２０００年９月，财政部、国家税务总局根据《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》中有关“对个人独资企业和合伙企业停征企业所得税，只对其投资者的经营所得征收个人所得税”的规定，制定了《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》，明确自２００１年１月１日起执行。
基于上述规定，合伙企业与公司制企业的税收差别主要表现在投资人身份为自然人时。
例１：现有两名自然人拟设立一家企业，如果设立公司制企业且有所得，则其所得税综合税负为：２５％＋（１－２５％）×２０％＝４０％。即假定公司有应税所得１００万元，先缴纳企业所得税２５万元（税率按２５％计算），税后利润７５万元在分配给个人时，再扣缴股东２０％税率的个人所得税，计１５万元。合计的所得税税额为４０万元。如果所投资公司为上市公司，则分红环节的个人所得税目前减半征收，综合税负略低。
如果改为设立合伙企业，则企业不缴纳企业所得税，１００万元利润全部分配合伙人时，由合伙人缴纳个人所得税，税率为五级超额累进税率。根据规定，假定上述利润由两名合伙人平分，则应缴个人所得税为：［（５０００００×３５％－６７５０）］×２＝３３６５００（元）。所得税综合税负为３３．６５％。
