自然人股东直接进行股权转让需要缴纳个人所得税、印花税;根据国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》的公告国家税务总局公告2014年第67号 缴纳个人所得税第四条个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按"财产转让所得"缴纳个人所得税。
第七条 股权转让收入是指转让方因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。
第八条 转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入。
第十五条个人转让股权的原值依照以下方法确认：以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值;以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值;通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值;被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值;除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。
根据根据《印花税暂行条例》及施行细则的规定，产权转移书据，是指单位和个人产权的买卖、继承、赠与、交换、分割等所立的书据。《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发〔1991〕155号)规定，财产所有权转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产，不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。适用税率按所载金额万分之五贴花。
同时根据《中华人民共和国印花税暂行条例》第八条：同一凭证，由两方或者两方以上当事人签订并各执一份的，应当由各方就所执的一份各自全额贴花。
《印花税暂行条例施行细则》第十六条规定，产权转移书据由立据人贴花，如未贴或者少贴印花，书据的持有人应负责补贴印花所立书据以合同方式签订的，应由持有书据的各方分别按全额贴花。
