2002年1月《上市公司治理准则》颁布后，经过各方持续的努力，我国上市公司治理结构的基本框架和原则基本确立，上市公司治理走上了规范化的发展轨道，上市公司成为公司治理改革的先行者和排头兵。但在实际运作中，上市公司治理结构中还存在一些亟待解决的薄弱环节。
“一股独大”的要害是“一股独霸”，其已成为阻碍我国上市公司治理结构完善的主要原因之一。在“一股独大”这种情况下，根据资本多数决的原则，在股东大会上中小股东的意志往往被控股股东的意志所吸收和征服，影响了中小股东参与公司管理的积极性，股东大会演变成“控股股东会”，甚至出现“一人股东大会”的尴尬现象。加上控股股东和实际控制人滥用资本多数决原则，通过操纵股东大会实现其不正当利益或直接侵害上市公司和中小股东利益。
1.控股股东或者实际控制人“掏空”上市公司的现象屡见不鲜。控股股东掏空上市公司，主要是通过以下几种方式：（1）强令上市公司违法为母公司提供担保或在母公司支配下向关联法人提供担保；（2）直接占用资金。
2.控股股东或者实际控制人在上市公司超越法定的股东权利，直接干预公司经营管理活动。如控股股东或者实际控制人任意干涉股东大会的召开；控股股东或者实际控制人直接干涉公司的经营管理等。
我国上市公司的治理结构，从表面看，形成了“三会四权”的制衡机制，即股东大会、董事会、监事会和经理层分别行使最终控制权、经营决策权、监督权和经营指挥权。但从实际情况看，由于股权的过度集中，没有形成健全的董事会、监事会来保证健全的经营机制，以及相应建立一套健全的经理层聘选、考核和监督机制，从而导致了部分公司董事会的独立性不强的问题。
1.内部人控制较为严重。所有权与管理权相分离是现代公司经营的基本特征之一。专业的管理职能和强大的资本基础使现代公司制企业获得了飞速的发展，但在信息不对称条件下，如果缺乏有效率的公司治理基础，便容易产生代理人（经营者）违背、侵犯委托人（所有者）利益的问题，即“内部人控制”问题。具体而言，主要表现在以下两个方面：（1）董事长与总经理“一肩挑”。股东授权董事会经营管理公司，而董事会聘用总经理行使日常经营管理权，董事会对总经理的监督是情理之中的事，但董事长兼任总经理的做法意味着自己监督自己，这样就使董事会对经理的监督制衡成为空谈。结果造成董事会不能真正履行职责，或者履行职责时忽视公司利益，损害股东利益。另一方面则是经营管理层占据董事会的大多数席位，形成内部董事占优势的格局。（2）董事会成员的构成中内部董事的比例过大。据抽样调查统计，我国上市公司董事会中内部董事尽管近些年来逐步递减，但目前仍然高达57.4%。在这样一个主要由内部执行董事组成的董事会中，期待由下一级执行董事来监督和约束自己的上司——董事长和总经理，显然是不现实的。
2.独立董事独立性不够。为解决董事会的独立性问题，我国从2001年开始引入了独立董事制度。众所周知，独立董事以其“独立性”为存在价值，独立董事制度有效运行的前提条件就是独立董事的独立性，即独立董事应是独立于公司及其利益相关者，与公司及其利益相关者，特别是与公司控股股东和公司高管人员，不存在重大利益关系。只有这样，独立董事才有可能站在公正、客观的立场上，及时制止、纠正公司控股股东或公司高管人员损害公司及中小股东利益的行为。否则，独立董事就有可能受到自利动机的驱使，以独立人格和中小股东的损失换取个人经济报酬最大化。
目前，我国上市公司独立董事在独立性上主要存在以下几方面的问题：（1）提名和任免方面。法律规定，上市公司董事会、监事会、单独或者合并持有上市公司已发行股份1%以上的股东可以提出独立董事候选人，并经股东大会选举决定。但在我国上市公司中，“一股独大”现象非常普遍，董事会和股东大会基本被控股股东控制，这些控股股东肯定要找自己比较熟悉、比较了解，也是相对比较“听话”的人来担任独立董事，而真正“独立”的人是难以当上独立董事的。由于“一股独大”的客观存在，绝大部分公司的独立董事实际上是由控股股东或控股股东控制的董事会、监事会提名产生的。在这种条件下出任独立董事的人士，往往不是与控股股东有着不为人知的关联关系，就是与掌控上市公司的实权人物有很深的私交。上市公司请他们出任独立董事，一方面是出于“肥水不流外人田”的考虑，更多的则是因为自己人“听招呼”、“便于管理”。在这种情况下，独立董事由控股股东“聘用”，而要向中小投资者服务从而监督公司控股股东、经理层，出现了独立董事的角色冲突，使得独立董事在行使其权利时难以保障相对于控股股东和管理层的独立性。（2）任期方面。独立董事的任期不能短于执行董事，否则就起不到制衡作用；也不能过长，否则，其独立性将会减损。通过一段时间的共事，同化是一种普遍现象。独立董事因与内部董事及经营管理层长期共事所建立的友谊会使他们不再独立或不那么独立，因此对独立董事的任期进行限制是必要的。（3）与上市公司或其控股股东的关联性方面。个别上市公司的独立董事本身就与上市公司或其控股股东存在直接或间接的利益关系。还有的独立董事更是与上市公司发生巨额的关联交易。
3.董事会运作不规范。（1）部分公司大部分董事会决议以联签的方式进行，且部分决议只有部分董事联签，无法保证其他董事充分行使职权。（2）有的公司董事会过于依赖通讯表决方式，即便在审议重大事项时也不召开现场会议；有的董事会违反公司法及《公司章程》规定，在表决时采用鼓掌通过方式。（3）部分公司董事会未设立专门委员会。
在我国上市公司的运作中，监事会并没有起到应有的监督作用，与立法设计所期望的作用相去甚远。这突出地表现在以下几个方面：
1.监事会和监事缺乏必要的独立性。首先是监事与公司的经营管理者大多来自同一单位，仍残存一种上下级关系，如职工监事，党委书记监事等，大胆的监督不仅可能使其失去监事资格，还会使其在原单位的利益遭受损害。其次是实践中监事会成员的选任依赖于董事，得不到董事支持的人员很难当选监事。再次是监事会成员的利益冲突。在我国，监事会有股东代表和职工代表，股东和职工的利益往往是不一致的，股东要求公司利益，而职工大多关心自身利益，这种冲突使监事会较难发挥其职能。最后是监事会在组织上缺乏应有的独立性。在绝大多数情况下，监事的任职均为兼职，无自己的常设办事机构，监事会的日常监督职能根本无法正常发挥，监事会不得不听命于董事会或董事长的安排。经常会出现董事会或经理责成监事会抓紧调查并提出处理意见的怪现象。总之，监事会行使监察权所必须支付的费用，在实践中受制于经营管理人员，这也严重影响了监事行使职权的独立性。
2.监事会和经营管理层的信息不对称。实践中，公司的经营信息掌握在董事会和经理人员手中，监事会完全依靠经营管理层提供的信息进行监督或根本得不到应有的信息而无法监督。另外监事会成员的自身素质也影响其信息的获得，监事身份一般为股东、职工、党委成员，大多无经营管理经验，也无法律、财务等知识，能力的欠缺会导致信息获得的欠缺。
3.监事会成员缺乏必要的激励和约束措施。在大多数的公司中，监事并不领取较高的报酬，所需的一定费用也并无一定的保障。从某种程度上说，监事的报酬和申领监督费用的控制权掌握在经理层手中。在受制于人的情况下，怎能期望他能实施有效的监督？股东为使经理层为其谋利而付出高昂的代理成本，而对监事为其监督经理层却不愿付出一定的监督代理成本，那得到的效果显然并不会太令人满意。
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