选择特殊性税务处理的合并企业可以限额弥补被合并企业的亏损，选择一般性税务处理的合并企业不能弥补被合并企业的亏损。
适用于特殊重组的吸收合并，合并企业限额弥补被合并企业的亏损。可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。因此，限额弥补时，如果被合并企业净资产为零或负数，可由合并方弥补的亏损金额等于零。
基于财税[2009]59号的规定，合并企业合并被合并亏损企业时，被合并亏损企业的亏损不一定能够完全在合并企业得到弥补。只有在特殊重组的吸收合并过程中，被合并亏损企业的亏损也只能在合并企业中限额弥补，在一般重组的吸收合并过程中，被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
而且根据财税[2009]59号和《财政部国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》(财税〔2014〕109号)的规定，特殊重组的吸收合并必须满足以下条件：
1、具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
2、企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
3、企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
4、企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并。
基于特殊重组的吸收合并必须满足的以上四个条件，企业不以合理的商业目的且只以降低税负为目的合并一些与自身业务毫无关联亏损企业的行为，不符合财税[2009]59号文中带有反避税特征的限定条件，那么，税务机关可以依据财税[2009]59号文的规定将其合并行为认定为一般重组，被合并方的亏损也不得在合并企业中弥补。
另外，无论是一般重组还是特殊重组，企业想通过吸收合并亏损企业进行避税的行为不仅不会实现其降低税负和逃避监管的目的，而且还可能会因为吸收合并亏损企业为自身的发展背上沉重的包袱。
