(一)流转税
公司分立业务交易的其实是被分立企业的净资产而非实物，理论上不属于流转税的征税范围，且《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第13号)和《国家税务总局关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第51号)均有规定，在分立情况下不征收营业税和增值税。
(二)契税
《财政部国家税务总局关于企业事业单位改制重组契税政策的通知》规定，公司依照法律规定、合同约定分设为两个或两个以上与原公司投资主体相同的公司，对派生方、新设方承受原企业土地、房屋权属，免征契税。
(三)土地增值税
企业分立中，分立企业并没有向被分立企业支付对价，而是被分立企业股东换取分立企业的股权或非股权支付，实现企业的依法分立，因此在企业分立过程中，尽管房产与土地所有权发生了转移，但是被分立企业并没有获取相应的对价，不属于有偿转让不动产行为，因此不需要申报缴纳土地增值税。
在财税1995(48)号文中虽有明确规定，在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。但对与之相对应的企业分立行为，是否免征土地增值税却未有规定。按照我们的理解，法理上应该不用交纳。但在实际工作中，有些地方税局却明确要交纳土地增值税，在国内的征税环境下，企业一般还是遵循地方规定，所以希望国家对此作出明确规定，以免出现税企争议。
(四)印花税
《财政部国家税务总局关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》规定以合并或分立方式成立的新企业，其新启用的资金账簿记载的资金，凡原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花。
(五)企业所得税
所得税法上的企业分立的定义来自《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)。按其规定，分立业务的处理分为一般性税务处理和特殊性税务处理。
1、一般性税务处理
如果不符合适用特殊性税务处理，企业分立应当按下列规定进行处理：
(1)被分立企业对分立出去资产应按公允价值确认资产转让所得或损失。
(2)分立企业应按公允价值确认接受资产的计税基础。
(3)被分立企业继续存在时，其股东取得的对价应视同被分立企业分配进行处理。
(4)被分立企业不再继续存在时，被分立企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
在一般性税务处理下，被分立企业如果资产增值较大会可能涉及企业所得税款较多。
2、特殊性税务处理
企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：
(1)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
(2)被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。
(3)企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
(4)重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。
(5)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
公司分立符合上述基本条件，被分立企业所有股东按原股东比例取得分立企业的股权，分立企业和被分立企业均不改变原来的实质经营活动，且被分立企业股东在该企业分立时，发生取得的股权支付金额不低于其交易支付额的85%可以选择特殊性税务处理：
(1)分立企业接受被分立企业资产和负债的计税基础，以被分立企业的原有计税基础确定。
(2)被分立企业已分立出去资产相应的所得税事项由分立企业承继。
(3)被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补。
(4)被分立企业的股东取得分立企业的股权(以下简称“新股”)，如需部分或全部放弃原持有的被分立企业的股权(以下简称“旧股”)，“新股”的计税基础应以放弃“旧股”的计税基础确定。如不需放弃“旧股”，则其取得“新股”的计税基础可从以下两种方法中选择确定：直接将“新股”的计税基础确定为零；或者以被分立企业分立出去的净资产占被分立企业全部净资产的比例先调减原持有的“旧股”的计税基础，再将调减的计税基础平均分配到“新股”上。
在特殊性税务处理下，可以不用确认被分立企业的增值所得，暂缓交纳企业所得税，企业发生符合本通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。
企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。如企业重组各方需要税务机关确认，可以选择由重组主导方向主管税务机关提出申请，层报省税务机关给予确认。
