财税59号文将公司分立所得税特殊性处理的规则概括为：
1、分立企业接受被分立企业资产和负债的计税基础，以被分立企业的原有计税基础确定。
2、被分立企业已分立出去资产相应的所得税事项由分立企业承继。
3、被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补。
4、被分立企业的股东取得分立企业的股权（以下简称“新股”），如需部分或全部放弃原持有的被分立企业的股权（以下简称“旧股”），“新股”的计税基础应以放弃“旧股”的计税基础确定。
如不需放弃“旧股”，则其取得“新股”的计税基础可从以下两种方法中选择确定：直接将“新股”的计税基础确定为零；或者以被分立企业分立出去的净资产占被分立企业全部净资产的比例先调减原持有的“旧股”的计税基础，再将调减的计税基础平均分配到“新股”上。
上述规则实际是将存续公司（存续分立）或者解散公司（新设分立）将资产和负债分割给新设公司的行为，在所得税处理上视为非等价交换的转移行为。虽然分立作价仍需要遵循公允作价和等价交换的原则，但被分立的公司勿需为分立作价的增值而确认收益，从而纳税义务得到递延。
比如：甲公司和乙公司是A公司的股东，各持股50%，对A公司进行分立，A公司存续，甲乙仍各持股50%，新设B公司，甲乙也是各持股50%。A公司资产总值（净值）3000万元，负债1500万元，股东权益1500万元，在评估的基础上资产估值5000万元，负债估值1500万元，企业估值3500万元。如此分割给B公司的评估“净资产”额应当为1750万元。
经协商甲乙决定将公司分立基准日净值为1000万元，评估值为2000万元的一处房产和250万元的负债分割给B公司。
在适用所得税的特殊性处理的情况下，被分立的A公司就不需要确认1000万元的分立收益，也不会就此承担所得税的纳税义务，因为它将计税成本为1000万元的资产虽然以分立作价2000万元的价格“出让”了，但它可以只确认1000万元。
