公司章程是股东在设立公司时制定的，调整公司内部组织关系和经营行为的自治规则，体现了股东对公司发展规划与自身利益分配的长期性安排。因此，每一次公司章程的修改均是对股东预期利益的重大调整。在公司章程的修改过程中，如果公司立法不能够为中小股东利益的保护提供有效的制度保证，那么“资本多数决”的弊端将会愈加凸显，其结果必然是使得公司章程单方面地表达大股东的利益诉求，无视甚至侵害其他股东利益。
正是由于公司章程的修改会给股东之间的利益安排带来巨大的影响，所以各国都非常重视公司章程的修改问题，他们不但建立了公司章程修改中的股东利益保护原则，而且还为贯彻这些原则设计了具体而系统的制度，值得我们借鉴。
一是不得侵犯股东既得利益原则。大陆法系与英美法系在公司章程修改中的股东利益保护问题采取了统一的态度，即必须对股东的既得利益给予相应的保护。结合各国立法例，笔者认为，公司章程的修改不得侵犯股东既得利益也不是绝对的，而是应当区分股东的固有权利与非固有权利。对于固有权利，应当强制性地规定公司章程不得进行修改;对于非固有权利，应当允许股东进行约定并且公司章程可以对其进行修改，但是应对股东的利益损失进行合理的补偿。
三是非经股东同意不得给股东设定新义务规则。即除非股东明示书面同意，不得以变更公司章程的方式给该股东设定新义务，即使增加股东的义务有利于公司整体利益。
对股东利益的程序性保护，有以下几个方面需要特别注意：
其一，议案的通知。各国对公司法议案的通知程序均有专门的规定，这样可以让股东充分地了解公司所要发生的变化，并为自己的行动做好计划与事先安排。笔者建议对公司章程的修改以及其他重大事项规定更为严格的通知程序，并且要将章程的修改内容作为会议通知的必要记载事项，使少数股东可以享有更为广泛的知情权、获得更详细的信息。
其二，特别“多数决”。一般而言，法律对有限责任公司“多数决”的规定比较宽松。而在股份有限公司中，各国立法都没有因为股份公司股权的分散，而仅规定一个宽松的多数决程序。恰恰相反，因为在某种程度上股份公司的章程修改(尤其是上市公司)涉及到广泛的少数股东，所以立法规定了非常严格的“多数决”程序，这一点尤其体现在对出席股东大会人数的最低要求上。
其三，股东分类表决机制。股东分类表决机制是指，公司发行有数种不同股份，当公司章程的变更将会有损于某种类股东权益时，变更章程除应由股东大会决议外，还应该由该种类股东会进行决议。股东分类表决机制在公司章程的修改中发挥着保护少数股东利益的重要作用。在一些国家和地区，如果存在公司发行特别股的情形，公司章程的修改须经该种类的股东大会的决议。
第一，规定修改公司章程时股东(大)会的最低出席人数。我国公司法对于修改公司章程时，股东(大)会的最低出席人数没有规定，这是立法的严重缺失。笔者认为，我国公司法应当借鉴国外立法的规定，对公司章程修改的特别决议，强制性地规定最低出席人数，并且规定在不能满足最低出席人数时的折中方法。
第三，建立完善的股东分类表决机制。笔者认为，我国公司法在程序上可以参考国外立法例，如果公司章程修改会对其他类别的股东产生损害或者扩大其他类别股东在其所投入股份资本上的责任(主要是减资和增资情形)，那么就应取得该类特别股股东的特别决议的同意。
