1、合理划分股东会、董事会的职权。股东会和董事会职权的合理划分，可以有效避免由于董事会权力过大，股东会被董事会架空或者股东会大权独揽，董事会不能有效行使职权的局面出现。原公司法对于股东会和董事会职权的规定属于强制性规定，职权划分比较僵化。新公司法则留有了能动余地，即允许公司章程对股东会、董事会的职权划分做出其他规定。
因此，股东在设计公司章程时，应当根据公司成立目的、所处行业、股权构成、资本规模及经营计划等实际情况，明确股东会和董事会之间的职权划分，力求在决策的效率和质量之间、董事会和股东会权力的保障与制约之间构架平衡。
2、完善监事会的组织方式，强化监事会的监督职权。关于监事会制度的建设，新公司法强化了监事会监督作用，在监事会职权、人员组成、议事方式和表决程序以及监事会履行职权的物质基础保障和法律手段等方面都作了详尽规定，目的就是强化公司监事会的监督职权。我们应正确认识和深刻理解新公司法对于监事会制度立法上的重大变革，正确认识监事会在公司治理中的重要性。在公司章程设计中，要根据新公司法的有关规定，结合公司实际情况，明确监事会的职权范围、议事方式、表决程序和工作保障机制，以实现真正的监督。
3、合理确定经理职权。原公司法将经理职权法定化，在客观上限制了公司对其权力的制约。以往的实践中，许多公司因为公司章程对经理职权的规定过于笼统，导致经理和董事会的权力界线模糊不清，进而影响到公司、董事会和股东之间的关系。对此，新公司法采取了更加理性的处理方式，规定了部分经理职权，同时又明确公司章程可以对经理职权另行规定，即公司经理的职权范围由股东或公司通过公司章程自行规定。
因此，公司股东在设计公司章程时，应当充分理解和运用新公司法在确定经理职权上赋予的权力，根据公司实际情况和需要，合理确定经理职权，划清与董事会职权的界线。
4、合理制定公司法定代表人的确定和变更机制。原公司法规定：“公司董事长为公司法定代表人”，公司章程不得随意改变。实践中，这种法定代表人人选法定化的做法给公司的实际运营带来很多不便，尤其是在经营规模较大，投资领域较宽的公司更容易出现责、权、利不对称的局面。新公司法规定：“公司章程可在法定的范围内，从董事长、执行董事或经理中选定一人为公司法定代表人，且对法定代表人变更也由公司章程自行规定，这就给公司股东结合公司具体情况确定公司法定代表人人选留了较大的选择余地。
公司股东在设计公司章程时，可以充分利用这一点灵活地确定法定代表人人选，同时注重完善有关法定代表人变更的规定，如变更情形、变更决议程序、变更人选范围等，以确保公司法定代表人的职责到位。
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