1、产生原因不同。股东的权利虽然多种多样，但总的来说，股东的权利可以分成两大类：股东的个人性权利(individual membership rights)和股东的公司性权利(corporate membership rights)。股东个人性权利是指法律或公司章程明确规定股东可以单独要求并实现的权利，诸如分配权利、认购股份的权利、要求记录其投票表决的权利等。股东公司性权利则是指股东不能够单独实现，而是与公司的发展紧密相关的的权利，比如投资收益权。根据与公司成员之间的契约而享有的、能够对公司事务和事项作出决议的权利。股东派生诉讼是股东公司性权利因公司本身遭受到侵犯而间接受到损害，只有当公司因法定原因未起诉时，才可以由股东以自己的名义提起诉讼，而股东直接诉讼的起因则是因为股东个人性权利受到侵犯，股东以自己的名义提起诉讼。
2、诉讼性质不同。股东派生诉讼提起权是股东监督、纠正公司不适或违法行为的一种权利，应为共益权，而股东直接诉讼是股东为了自己的利益而提起的诉讼，即便该种诉讼成功，股东通过该种诉讼所取得的利益亦不归于公司。因而，该诉权从本质上说是一种自益权。
3、诉权根据不同。提起派生诉讼的根据具有二元性，即：一方面派生诉讼提起权源于股东作为股份所有人即出资人的地位；另一方面派生诉讼提起权源于股东作为公司代表人的地位。此二者缺一不可。其中，前者是每一个股东所享有的股东权的应有之义，而后者只有在公司法规定的条件和程序得以满足之后方可发生。而提起直接诉讼的根据仅具有一元性，即直接诉讼提起权仅源于股东作为股份所有人即出资人的地位。
4、诉讼目的不同。在股东派生诉讼中，虽然公司和股东个人都是侵害行为的受害者，但公司是直接受害者，股东个人是间接受害者，原告股东提起诉权的目的是为了公司的利益，但也间接地维护了自己的利益；而在股东直接诉讼中，股东个人是侵害行为的直接受害者，原告股东行使诉权的目的是纯粹为了自身的利益，而非整个公司的利益。
5、诉讼归属不同。在股东派生诉讼中，原告股东仅享有形式意义上的诉权，至于实质意义上的诉权则属于公司，即形式意义上的诉权与实质意义上的诉权是互相分离的。因此，即使原告股东在派生诉讼中胜诉，则胜诉的利益应当归于公司，而非原告股东。倘若原告股东败诉，则不仅由原告股东负担该案的诉讼费用，而且该案的判决对于公司产生既判力，不仅其他股东不得就同一理由再次提起派生诉讼，公司的机关亦不得再就同一理由为公司提起直接诉讼；而在股东直接诉讼中，原告股东所享有的形式意义上的诉权与实质意义上的诉权是合一的，无论原告股东胜诉抑或败诉，一切利益和不利益均归属于原告股东，而非其所持股份的公司。
