公司运作机制的不规范,同样会损害公司甚至中小股东的利益。表现在控制股东或实际控制人超越股东大会或董事会直接干预公司决策和经营,使公司的法人地位得不到真正的体现,公司没有了独立性;在关联交易中,控制股东或实际控制人说了算,无须开股东大会也不须进行公告,随意性大、数额也较大;控制股东或实际控制人还常常通过借款、违规担保等方式侵占公司大量资金,一旦被担保单位丧失还款能力则公司就必须承担连带责任,对公司造成很大的损失,从而损害中小股东的利益。当出现这种情况时,股东代表派生诉讼制度允许中小股东行使派生诉权,阻止控股股东损害公司或中小股东利益现象的发生。