股东代表诉讼与股东直接诉讼虽然都属于公司股东诉讼，但二者有重大的区别，不能混为一谈、相提并论。它们的区别主要表现在：
公司股东的权利按其行使目的可分为共益权与自益权两种类型。前者依据是共益权，后者依据的是自益权。在股东代表的诉讼中，原告既是股东，又是公司的代表人;在直接诉讼中，原告仅以受害的股东身份提起诉讼。
股东代表诉讼主要是因管理层侵犯公司利益引起的，其根本目的在于公平地保护中、小股的权益;而直接诉讼则是因侵犯股东利益引起的，目的在于保护股东合法权益。
前者的原告仅享有形式意义上的诉权，维护的是公司的利益，实质意义上的诉权则属于公司;后者维护的是股东的利益，原告所享有的诉权包括形式上和实质上两个方面。
在直接诉讼中，股东为原告，公司为被告;在代表诉讼中，被告则是实施了侵权行为的董事等公司高级管理人员。而公司是否参加诉讼及在诉讼中处于何种法律地位，两大法系国家有所不同。在英美，公司是作为名义上的被告参加诉讼的，同时，公司又是代表诉讼中的真正原告。因为如果股东原告胜诉，直接受益的是公司。而根据日本商法典规定公司可以不参加诉讼。从我国现有的司法实践看，公司是被作为第三人对待的。
并非任何股东都有权提起代表诉讼，只有在一定时期内连续持有或当时持有若干比例股份的股东才符合原告资格。其目的是为了防止滥用代表诉讼制度而购买或受让股份。在英国，若股东参与了所诉的过错行为的话，就因其不具备“干净的手”而无资格提起代表诉讼;而直接诉讼中对原告股东一般没有限制。
股东代表诉讼一般有前置程序限制，而直接诉讼无此要求，股东有权直接向法院提起诉讼。
在代表诉讼中所获得的赔偿是归属于公司的，名义上的原告股东不能直接获赔。而直接诉讼所得赔偿属于股东享有。
