从以上分析可知，确认股东权利身份的证据主要是股东名册、工商登记、出资证明书、公司章程以及实际承担股东权利义务的行为等。这些证据都是从不同的方面显示了股东身份，但是在现实司法实践中，这些证据有时会产生冲突。请看以下两个案例：
案例一：甲、乙两公司各投资5万元成立了丙公司，并办理了注册登记。丙公司成立后不久，丁公司便出资购买了甲公司所持有的丙公司股权，成为了新的股东。丙公司将丁公司名称登记于股东名册上，修改了公司章程，但并没有到工商局办理变更登记手续。一年后，甲公司向法院起诉丙公司，以工商登记资料为依据，要求确认其在丙公司的股东地位。
在本案中，涉及的主要证据冲突是工商登记与股东名册、章程之间的冲突。那么究竟是根据哪项证据来确认甲公司是否为丙公司的合法股东呢?《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十七条第一项规定“国家机关、社会团体依职权制作的公文书证的证明力一般大于其他书证”。有些法官根据这一条规定，对于股权纠纷案件一律以工商部门的登记资料为准来确定股东身份，即认为工商登记资料的证明力度要大于公司的内部文件如股东名册、章程等。我们从文章前面的分析知道，公司登记机关登记有限公司的股东不具有创设股东权的性质，只是具有对抗第三人的效力，起着一种宣示性作用。修订的公司法第三十三条第三款规定“公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记;登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人”。该条告诉我们，股东名册所记载的股东在公司登记机关登记，只是对第三人产生确认股东权的效力，或言之，对第三人产生确认股东权的首要的证据力。如果在公司内部发生股东权争议，即出现公司不承认某人是股东或者股东之间发生股权纠纷，首先应注意股东名册和章程的效力。股东名册所记载的股东在公司登记机关的登记主要是在公司外部法律关系中有意义。如果出现公司登记机关登记的股东并不是公司的实际股东时，仍应该保护善意第三人的信赖利益。本案中，甲公司与丙公司的诉讼是公司内部之间纠纷，应该以公司股东名册内容为准。
案例二： 甲某与乙某欲共同投资成立A公司，在公司登记过程中，甲某出于某种目的不愿意在工商登记资料上显示出自己的名字，于是甲某和丙某协商由丙某在工商登记资料上替代甲某成为公司股东。A公司作为有限责任公司，因为股东只有两个，公司并没有设立股东名册，也没有向股东签发出资证明书。甲某定期参加股东大会，领取了红利，丙某没有参与公司的实际经营。不久，丙某向法院起诉A公司要求确认其股东地位和对其派分红利。
本案涉及到了隐名股东问题。隐名股东是实际投资人在公司章程以及工商登记等形式上以他人名义持有的一种股份或股权。隐名股东在法律形式上挂靠显名股东，可能是挂靠在公司的其他真实股东的名下，也可能挂靠在一个与公司毫无关系的人的名下。被挂靠的人可能是出借姓名，也可能是有时被冒用或盗用姓名，对隐名股东的挂靠丝毫不知情。对于隐名股东问题应具体情况具体分析。如果隐名股东是实际出资人，则可以说明工商登记、章程等手续是由他人代办，此时，出资人仍应享受股东身份和股权。如果出资人无法证明其为实际出资，则应查明此人是否享受了股权的实际行为。如参加股东大会，对重大事项进行表决，分得红利等等。若其行使了股东的权利，则应认定其具有股东身份。因为该成员行使了股东权利，可说明公司和其他股东对该成员的身份的认可，并且认可其股东身份有利于市场交易秩序的稳定。因为若认定该成员的股东身份非法将会对以前股东决议作出否定性评价，不利于交易安全。如果该行为人并没有亲自投入资金，而是其他人代其投入，那么也不能否定其股东身份和股权，而是应视为一般的权务纠纷。在本案例中，虽然工商登记资料上并没有记载甲某的名字，但甲某实际投入了资金也享受了股东权利，因此应确认其合法的股东身份。
从以上涉及公司股权确认的证据和案例分析来看，我们可以将证据分为形式证据和实质证据两类。工商登记、公司章程、股东名册等属于形式证据;实际出资、获得出资证明书和实际承受股东权利义务的行为属于实质证据。在面对公司股权确认纠纷诉讼案件时，基本的原则是：在处理公司与第三人股权确认纠纷时，形式证据优先于实质证据，并且工商登记的资料具有公信力，它的证据效力优先于其他形式证据。在处理公司内部股权确认纠纷时，应更多地从行为人是否出资、是否签署有关公司重大决议、是否承受股东权利义务等方面来进行综合判断。
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