本案纠纷的实质是B公司与A公司之间就D公司55%的股权归属发生的争议。在一审中，B公司认为由于B公司从未更名为A公司，因此A公司以更名为由取得B公司在D公中的股权是对B公司股权的侵犯，因此向一审法院提起了民事侵权之诉。我们认为，B公司显然未能认识到，虽然A公司取得股权的理由依据并不真实，但该股权变更的行为已经经过了行政机关的审批，且该行政行为已经生效，通过民事诉讼的方式来对该生效行政行为进行变更从而取回55%的股权存在较大的法律风险。同样由于被告A公司以及一审法院也未能认识到本案可能存在民事与行政法律关系的竟合，因此导致一审判决最终被撤销。在二审中，该法律结点依然未引起系争双方的关注，应该说本案是二审法院主动找出问题症结，正确做出判决。
从B公司一方来看，根据我国法律规定合资企业进行股权变更必须经行政部门审批才能生效，因此当股东认为其股权受到侵害时，首先应当考虑对行政机关审批股权变更的行为进行法律审查。具体到本案例，B公司应当首先到相关行政部门查阅D公司在申报股权变更时所提交的相关资料，如资料不具备形式要件，则可提起行政诉讼或行政复议，要求撤销该审批行政行为。反之则应当对关资料的有效性进行审查，如发现某个申报材料并不是D公司依据法律规定做出的，即不具备实质上的有效性，例如B股东会或董事会决议等相关法律文件存在效力上的瑕疵，则应当提起民事上的确认之诉，确认该文件的无效性，然后据此再请求行政机关撤销对股权变更所做出的行政审批。
从A公司一方来看，由于本案系争股权金额巨大，而A公司在办理股权变更时未做整体法律风险评估，股权变更方案存在明显瑕疵，最终导致原被告双方都无端承担了较大的诉讼成本。若A公司希望依据“股抵债”协议取得B公司在D公司中的股权，应当与B公司达成“股抵债”式股权转让的协议，而后严格依据中国法律，以股权变更而不是公司更名为事由，办理相关的股权变更行政审批手续。若双方无法达成协议的，A公司仍可以请求法院确认“股抵债”协议的效力，胜诉后申请对系争股权进行强制执行。
