法人股东股权转让符合并选择适用特殊性税务处理的，可以享受递延纳税的税收优惠。但是对于适用一般性税务处理的企业而言，相关制度规定并不明确，实践中存在着企业被税务机关核定征收高额税款或者企业利用税法漏洞不缴、少缴所得税的情形。
根据《企业所得税法》，企业所得税征收采取“按年计征、按月或者按季预缴、年终汇算清缴、多退少补”的方式进行。股权转让所得记入企业年终收入总额自然也遵循这一征税方式，而不是像个人所得税一样实行按次计征。由此，许多企业对于股权转让所得企业所得税的申报和缴纳并不十分重视，甚至利用税法漏洞偷逃税款。然而，近年来，企业兼并重组、企业股权转让与投资越来越受到税务机关的重视，相关的税收政策如雨后春笋般不断涌现，税务立法与执法的规范，使得传统的避税方式不能适用，或者可能为企业年终汇算清缴带来纳税调整的风险。
基于我国企业情况复杂、企业的财务状况和管理水平参差不齐的现状，税务机关对企业所得税主要采取两种征收方式即查账征收和核定征收方式。而核定征收又分为核定应税所得率征收和核定定额征收两种。而核定征收方式的不规范、不统一，又导致企业所得税税负畸轻畸重，且不公平。由于核定征收适用于会计账簿不健全、资料残缺难以查账、或者难以准确确定应纳税额的企业，加之企业股权转让涉税金额普遍较大，因而可能出现核定征收税款较高的情形，反而增加了企业的税负成本。
与自然人股权转让不同，企业股权转让的完税凭证没有被列为工商变更登记必须提交的材料。
由于上述变更登记中缺少完税凭证的规定，企业可能在完成股权转让并变更工商登记之后，忽视所得税方面的申报和缴纳工作。税务与工商行政制度的不衔接，为企业提供了漏税空间，然而这并不是降低企业成本的长久之计，而且增加了企业被税务核查的风险。
其实对于企业股权转让而言，并非有所得即纳税的。由于股权转让所得记入企业年度收入总额，因而在年终汇算清缴时可以用来弥补亏损。当然，这需要企业做好收入、支出方面的财务统计，并且妥善保管好相关的证明文件、资料。
2014年，《国家税务总局关于加强股权转让企业所得税征管工作的通知》（税总函〔2014〕318号）出台，对股权转让信息获取、股权转让所得税管理方式和手段做出了细致规定。通知强调，为实现对股权转让所得税的全方位、多环节控管，要强化企业股权转让年度纳税申报制度，建立各级各地税务机关之间信息传递和沟通协调的工作机制，加强税务、工商部门的合作，同时建立股权转让企业所得税管理台账、对股权转让实施链条式动态管理和专家团队集中式管理等。反映在具体实践上，2014年底发布的《企业所得税年度纳税申报表（A 类，2014 年版）》更加关注资本交易和非货币性资产交易。基础信息表增加了上市公司勾选项，以及企业主要股东前5位及对外投资企业排名前5位的信息情况;收入明细表、成本支出明细表、视同销售明细表都增加了非货币性资产交换收入、成本项目。这些税收政策的公布与实施，应当引起企业对股权转让所得税的重视。在进行税务筹划时，基于股权转让的性质、企业收入、企业发展等方面的考虑，结合国家税务、工商等政策规定，合法、合理避税，节省税负成本。
