第一，发行主体的差别。公司债券是由股份有限公司或有限责任公司发行的债券，我国2005年《公司法》和《证券法》对此也做了明确规定，因此，非公司制企业不得发行公司债券。企业债券是由中央政府部门所属机构、国有独资企业或国有控股企业发行的债券，它对发债主体的限制比公司债券狭窄得多。在我国各类公司的数量有几百万家，而国有企业仅有20多万家。在发达国家中，公司债券的发行属公司的法定权力范畴，它无需经政府部门审批，只需登记注册，发行成功与否基本由市场决定;与此不同，各类政府债券的发行则需要经过法定程序由授权机关审核批准。
第二，发债资金用途的差别。公司债券是公司根据经营运作具体需要所发行的债券，它的主要用途包括固定资产投资、技术更新改造、改善公司资金来源的结构、调整公司资产结构、降低公司财务成本、支持公司并购和资产重组等等，因此，只要不违反有关制度规定，发债资金如何使用几乎完全是发债公司自己的事务，无需政府部门关心和审批。但在我国的企业债券中，发债资金的用途主要限制在固定资产投资和技术革新改造方面，并与政府部门审批的项目直接相联。
第三，信用基础的差别。在市场经济中，发债公司的资产质量、经营状况、盈利水平和可持续发展能力等是公司债券的信用基础。由于各家公司的具体情况不尽相同，所以，公司债券的信用级别也相差甚多，与此对应，各家公司的债券价格和发债成本有着明显差异。虽然，运用担保机制可以增强公司债券的信用级别，但这一机制不是强制规定的。与此不同，我国的企业债券，不仅通过“国有”机制贯彻了政府信用，而且通过行政强制落实着担保机制，以至于企业债券的信用级别与其他政府债券大同小异。
第四，管制程序的差别。在市场经济中，公司债券的发行通常实行登记注册制，即只要发债公司的登记材料符合法律等制度规定，监管机关无权限制其发债行为。在这种背景下，债券市场监管机关的主要工作集中在审核发债登记材料的合法性、严格债券的信用评级、监管发债主体的信息披露和债券市场的活动等方面。但我国企业债券的发行中，发债需经国家发改委报国务院审批，由于担心国有企业发债引致相关对付风险和社会问题，所以，在申请发债的相关资料中，不仅要求发债企业的债券余额不得超过净资产的40%，而且要求有银行予以担保，以做到防控风险的万无一失;一旦债券发行，审批部门就不再对发债主体的信用等级、信息披露和市场行为进行监管了。这种“只管生、不管行”的现象，说明了这种管制机制并不符合市场机制的内在要求。
第五，市场功能的差别。在发达国家中，公司债券是各类公司获得中长期债务性资金的一个主要方式，在上世纪80年代后，又成为推进金融脱媒和利率市场化的一只重要力量。在我国，由于企业债券实际上属政府债券，它的发行受到行政机制的严格控制，不仅明年的发行数额远低于国债、央行票据和金融债券，也明显低于股票的融资额，为此，不论在众多的企业融资中还是在金融市场和金融体系中，它的作用都微乎其微。
第六，律依据不同。公司债券在《公司法》中有专章(第七章《公司债券》)规定，同时也是《证券法》明文规定的证券的一种，其发行、交易适用《公司法》、《证券法》的相关规定;企业债券的发行、交易主要适用国务院《企业债券管理条例》的规定。
第七，发行条件不同。依照《证券法》第16条，公开发行公司债券应当符合下列条件：股份有限公司的净资产不低于人民币三千万元，有限责任公司的净资产不低于人民币六千万元;累计债券余额不超过公司净资产的百分之四十;最近三年平均可分配利润足以支付公司债券一年的利息;筹集的资金投向符合国家产业政策;债券的利率不超过国务院限定的利率水平：国务院规定的其他条件。
