1、银行贷款的替代效应。对商业银行流动资金贷款的替代，是短期融资券发行对商业银行最直接和最主要的影响。银行现行1年期短期流动资金贷款的基准利率为5.58%，而同期限短期融资券的收益率基本稳定在2.92%-2.94%之间。即使考虑到发行费用因素，短期融资券的融资成本也比银行贷款要低得多。融资成本的差异，使企业更愿意选择短期融资券这种低成本的融资工具。而短期融资券的大量发行，必然会分流商业银行的流动资金贷款需求，从而给商业银行带来双重影响：一方面，能够发行短期融资券的基本都是优质企业，其短期融资方式的变化会改变商业银行的客户结构，有可能放大商业银行的资产经营风险并迫使商业银行不得不调整贷款客户对象，注重开发中小企业客户，这无疑有利于缓解中小企业贷款难的问题。另一方面，商业银行优质客户的融资需求向短期融资券市场转移，对主要依靠利差收入的商业银行传统盈利模式是一个不小的冲击，这又构成了商业银行优化收入结构，改变盈利模式的压力和动力。
2、融资结构的优化效应。直接融资比重偏低，直接融资与间接融资发展不协调，是我国金融运行中一个重要的结构性缺陷。从道理上讲，一国直接融资与间接融资在融资总额中占多大比重，要受该国体制背景、经济与金融市场化程度、融资制度环境、经济主体的融资偏好以及企业文化传统等多方面因素的制约，没有一个世界范围内通行的统一、固定的比例标准。但就我国这样一个长期以来由间接融资一统天下且正处于金融体制转轨的国度来说，要更好地发挥市场在资源配置中的基础性作用，必须提高直接融资比重，则是毫无疑义的。
2000年，我国直接融资与间接融资之比大致在1：10左右，而近几年由于证券二级市场行情持续低迷，股市融资规模萎缩，2004年直接融资与间接融资之比已经下降到1：19。从M2/GDP这一衡量一国经济货币化程度的指标看，我国在2004年已经达到185%，远远超过欧美发达国家40%-50%的水平。间接融资比重居高不下，是导致这一指标过高的重要原因。短期融资券市场的快速发展，将加快金融领域的“脱媒”过程，促进社会融资结构的优化。一方面，有利于扩大直接融资规模，改善直接融资与间接融资之间的比例关系，优化社会总体融资结构;另一方面，有利于改善股票融资与企业债券融资发展不平衡、长期企业债券与短期企业债券发展不平衡的现状，优化直接融资的内部结构。
3、政策效率的提高效应。在间接融资在社会融资总量中占有绝对优势地位，直接融资比重很低的情况下，货币政策的直接调控对象是商业银行，货币政策传导机制主要表现为信贷传导机制，即货币政策是循着央行—商业银行—企业这样的的路径来实现政策信号传导的。这样一种传导路径，实际上将货币政策传导机制分割为两个相对独立的过程，即央行通过货币政策工具变动影响商业银行经营行为，以及商业银行相应调整经营决策影响企业经营活动进而作用于宏观经济变量指标的过程。
