第一，法律实质不同。事实婚姻是婚姻的形态，而非法同居则是非婚姻男女共同生活体;事实婚姻只是在程序上具有违法性,而在实质上是符合婚姻法的规定的,而非法同居无论在程序上还是在实质上都是违法的,有的甚至还违反了刑法的规定应当追究当事人的刑事责任，如重婚罪。因此我国法律有条件的承认和保护事实婚姻,而对非法同居关系则不予保护。事实婚姻与正式婚姻有着同等的效力来得到婚姻法的调整和保护，除一部分非婚同居属于事实婚姻外，对于其他非婚同居关系，因为彼此没有婚意，对外也不以夫妻名义同居，可以说双方放弃了配偶身份，法律也无须对他们的身份关系予以承认。具体处理事实婚时则视同具有法律效力的结婚，与合法的经登记缔结的婚姻关系同样对待。而如果被认定为属于同居关系，则这种同居关系由于自身的不法性将不受到法律的保护。
第二，适用的程序及相关的规定不同。对属于事实婚姻关系的案件，人民法院受理后，依法要先进行调解，调解和好或者撤诉的，确认该婚姻关系有效，发给调解书或裁定书;经调解不能和好的，根据各案情况的不同，即可以调解离婚或者判决准予离婚。而同居关系则不同，法院只受理有配偶者与他人形成的同居关系，且受理此类纠纷后，不能进行调解，一律予以解除。对于双方均无配偶的男女之间形成的同居关系，一方诉至法院要求离婚或要求解除同居关系时，法院则不予受理。此外，当事人起诉到人民法院属于事实婚姻的，当事人即使不去补办结婚登记，人民法院对其婚姻关系的合法性也必须予以认可，依然按照合法、有效的婚姻案件来审理。而如果属于双方均无配偶的同居关系的，当事人要想使自己的生活状态受到法律保护，则必须补办结婚登记。
第三，子女、财产的分割不同。在身份关系、共同生活期间所得财产的认定、所生子女是否为婚生子女，能否以配偶身份享有继承权问题等方面，也会使两者面对不同的处理结果。事实婚姻中，男女双方的身份关系我国法律目前采取相对承认主义的方式进行确认，而对于非法同居关系中的男女双方身份关系一直以为法律都是采取不承认的态度对待。在财产关系方面，法律仅规定了解除非法同居关系时财产的处理。但该规定仅是对事实婚姻的同居者财产关系的处理，未涉及事实婚姻以外的非法同居者的财产关系。按照一般的司法实践，解除非法同居关系时，有同居前约定协议的按照合法的约定条件处理，同居生活期间双方所得的收入和购置的财产，按一般共有财产处理。同居期间一方所得财产包括双方各自继承和受赠的财产，一般按个人财产对待。在子女身份方面，事实婚姻中的双方子女以婚生子女看待，而非法同居中双方的子女却是非婚生子女。对于遗产继承和扶养请求权，事实婚姻享有与法律婚姻同等的权利和效力。相反，非法同居关系这方面的权利在法律中并没有确切的规定，因为是基于一定的身份关系，而法律对此类非法同居身份关系不予承认，一般情况下也就不享有它带来的遗产继承权和扶养请求权。但也有除外情况，如当事人有约定。另外，以下情况亦可取得继承权：第一，遗嘱继承;第二，对死者生前尽扶养义务;第三，无其他继承人。
事实婚姻随着1994年2月1日婚姻管理登记条例的实施，已经成为过去，然而同居关系却因为人们观念的改变而增多，在司法实践中只有充分掌握并理解何为同居关系及同居关系的界定等问题，才能较好地把握此类案件的审理，促进司法公正、公平。
