两种呼吸作用的作用场所不同、分解产物不同、分解条件不同、产生的能量大小也不相同。首先,分解过程中是否有氧是最明显的差异,然后,在分解场所上,有氧呼吸需要线粒体,无氧呼吸则不需要;其次,分解产物也不相同,有氧呼吸产生二氧化碳和水,无氧呼吸的产物是不完全氧化物;最后,有氧呼吸释放的能量多,无氧呼吸释放的能量少。
所有的动物植物都需要进行呼吸作用,动植物通过呼吸作用将体内的有机物进行分解,释放大量的能量满足生长和其他生命活的能源需求。
从反应过程来看,这两种呼吸类型的第一步反应,都是在细胞质基质中把葡萄糖分解成丙酮酸。
有氧呼吸与无氧呼吸之间相互依赖却又相互制约。在原始的大气层中,由于其含氧量几乎为零,因此生物所进行的是无氧呼吸方式。这个过程可以不借助氧气来完成,当自养型生物出现之后,大气中氧气的浓度逐渐增高,此后有氧呼吸成为了主要的呼吸方式。
由于无氧呼吸氧化不彻底,能量不能全部释放出来,所以无氧呼吸的效率远低于有氧呼吸。但在绿色植物出现之前,地球上没有光合作用,大气中没有氧气,原始生物必须靠无氧呼吸才能生存下来,所以无氧呼吸对生命的延续也起了不可估量的作用。