庄园的主人克莱文先生在爱妻过世之后,变得阴郁古怪、消沉遁世,掩埋了花园的钥匙,十年不曾允许任何人出入花园,想借此阻断对亡妻的思念
他每次见到长着和妈妈一样漂亮面容的儿子柯林,都会引起更大的悲伤,于是他选择逃避,终年在外漂泊。
霍乱中父母双亡的玛丽一夜之间变成孤儿,被从印度送往英国约克郡克莱文姑父的庄园生活,她从小性情乖戾,这个陌生的环境更使她倍感孤独落寞,她讨厌所有的人,当然也不知道自己被人不喜欢
她在知更鸟的指引下找到了尘封已久的秘密花园的钥匙。秘密花园里一片萧瑟。
孤独的玛丽在女仆玛莎的鼓励下,开始尝试在庄园里寻找自己的乐趣。她认识了性格乖戾但善良的花匠季元本和友好伶俐的知更鸟。
在知更鸟的指引下,玛丽找到了开启秘密花园的钥匙,在那里她结识了喜欢和动物交朋友的迪肯。在迪肯的带领下,他们一起在秘密花园里耕种,使花园从此焕发出盎然生机,到处充满了大自然的魔力。