1635年,皇太极废除旧有族名"诸中”(女真),定族名为“满洲"。1636年,降服漠南蒙古。同年皇太极称帝且改国号“金"为“大清”,正式建立清朝,改年号为崇德。1637年,降服李氏朝鲜。
1640年,松锦之战爆发,洪承畴在松山被俘,祖大寿在锦州投降。松锦之战标志著明朝在辽东防御体系的完全崩溃,在关外只剩下宁远一座孤城。1643年皇太极病死,福临继位,是为顺治帝,由其叔多尔衮摄政。
1644年,李自成率领的大顺军攻陷北京,崇祯帝在景山自杀殉国。驻守山海关的明将吴三桂降清。多尔衮指挥八旗兵,以吴三桂为前导,兼程入关,击败大顺军,进占北京。同年顺治帝迁都北京,祭告天地祖宗,表示他是全中国的君主。
接着,清军南下剿灭农民军,北方的汉奸、官僚纷纷勾结清军,镇压农民军。与此同时,南方的明朝遗臣相继拥立皇族建立政权,史称南明。此外还有李自成的大顺政权、张献忠的大西政权。
清军进军江南的过程中,烧杀抢掠,激起江南人民的强烈反抗,特别是剃发令强制执行,各地燃起抗清的熊熊烈火。此后清军各地"剃发易服",清军采取多次屠杀来镇压,造成人口骤减,发生西南地区民生萧条、万里无人的景象,史称甲申国难。
1659年,清军占领西南地区。并迁移湖广人口填川,以补充劳动力的不足,视为历史上的第二次"“湖广填四川”。清廷制定的圈地和投充政策使人民放弃土地,增加更多流民。为此又制定严禁奴仆逃亡的逃人法,激化京畿地区的民族矛盾。后来清廷下令停止这些政策,并实行奖励垦荒、减免捐税的政策。并且正式开科取士,追尊崇祯帝与明朝忠臣。
李自成死后,大顺军余部与南明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联明抗清。1647年大败清军于全州,次年几乎收复湖南全境。江西金声桓和在广州李成栋先后反正,出现了第一次抗清斗争的高潮。但永历政权不能团结对敌,给了清军以喘息之机。1649—1650年,何腾蛟、瞿式耜先后牺牲。
1652年,李定国率军8万东出广西,下桂林。又攻入湖南、广东,“两蹶名王,天下震动”"。刘文秀亦出击四川,克复川南。东南沿海的张煌言等的抗清也发动攻势,抗清斗争再次出现高潮。这时孙可望同李定国之间矛盾爆发,破坏了大好形势。孙可望投清后,云贵虚实尽为清军所知。由于华南反清势力较大,清帝册封吴三桂、耿仲明与尚可喜为王以镇守云南、贵州、广东与福建等地,史称三藩。1658年,吴三桂率清军攻入云南,1662年永历帝被杀,南明灭亡。
1661年,延平王郑成功收复了当时为荷兰殖民地的台湾。永历帝被害后,郑成功之子郑经继续使用南明永历年号,礼待南明宁靖王朱术桂,但未再拥立明朝宗室称帝和监国。
1683年,清朝攻克台湾,明郑结束,1684年设立台湾府。清军入关后历经20多年的战争,基本占领中国大陆。