行政公益诉讼是检察公益诉讼的核心，也一直是公益诉讼研究的重点内容。
一是行政公益诉讼诉前程序。关于诉前程序的性质，有论者主张不应过度强调公益诉讼诉前程序的监督性，而应该回归诉前程序的审查起诉定性。检察机关履行的是审查起诉权，而非推动、督促他者履职的监督权。还有论者提出，以检察机关和行政机关的良性互动达致诉前程序实质化，在诉前程序中实现公益的目标。有论者提出，通过建构行政公益诉讼诉前程序重新启动制度，解决行政公益诉讼诉前程序终结后，同一公益损害问题持续存在或者再次发生应该如何处置的问题，为完善行政公益诉讼诉前程序和诉讼程序的衔接制度进行有益探索。
二是行政公益诉讼的受案范围。有论者认为，目前的行政公益诉讼受案范围存在不周延性、短期效果性等问题，需要通过多种途径予以完善。也有论者认为，应更注重拓展受案范围深度，立足于法律监督权能，根据具体法律规范和事实情况，运用行政法的基本原则、基本原理深入行政裁量。关于受案范围拓展的标准，针对拓展无序、主要集中在诉前程序、公众参与不足的问题，有论者认为拓展的案件必须符合起诉必要性要件，并且应当将诉前拓展转换为诉讼拓展，扩大公众参与。
三是行政机关不履行法定职责的认定。行政公益诉讼是一种典型的督促履职之诉，对行政机关不履行职责的认定贯穿于诉前程序和诉讼程序，如何认定行政机关不履行法定职责在司法实践和理论研究中分歧仍然较大。
其一，行政公益诉讼中"不依法履行职责"的内涵。有论者认为，在行政公益诉讼中，行政机关的监督管理职责不同于普通诉讼中行政机关的法定职责。法定职责是指行政机关的对外管理职责，而监督管理职责既包括行政机关对外管理职责，也包括对内监督职责等。其不但包括法律法规规章规定的职责，还包括政策性文件以及上级机关确定的职责。有论者则认为，行政机关的监督管理职责应类型化为监督职责与具体微观的管理职责，不包含抽象宏观的管理职责。值得注意的是，对此问题，最高检于2022年发布的指导性案例检例第162号（吉林省检察机关督促履行环境保护监管职责行政公益诉讼案）要旨明确：行政诉讼法第25条第4款中的"监督管理职责"，不仅包括行政机关对违法行为的行政处罚职责，也包括行政机关为避免公益损害持续或扩大，依据法律、法规、规章等规定，运用公共权力、使用公共资金等对受损公益进行恢复等综合性治理职责。
其二，不履行职责的认定标准。对此，存在"行为标准说""结果标准说""复合标准说"的争论。有论者认为，用以上标准可以对简单案件作出判断，但对疑难案件有困难，提出应通过裁量收缩论的实体判断和程序展开作出判断。有论者认为，应将行政公益诉讼中"不依法履行职责"要件的性质定位为胜诉要件，而非起诉要件，防止人为提高行政公益诉讼的起诉门槛。
四是证明责任。有论者认为，由于行政公益诉讼在提起主体、案件类型、前置程序等方面具有自己特色，必须构建独立的行政公益诉讼举证责任分配规则。有论者主张引入民事诉讼领域的规范说，作为行政公益诉讼证明责任的理论依据，构建以行政职权规范为中心的行政公益诉讼证明责任分配体系。关于应该建立何种举证责任分配规则，一种观点认为，行政公益诉讼当中应当坚持举证责任倒置原则；另一种观点认为，应当区分作为类和不作为类行政公益诉讼的举证规则。
此外，涉及行政公益诉讼的议题还有起诉要件、起诉期限、诉讼请求、判决方式等。
