全文共45章，为什么文章会以汤姆叔叔的小屋为书名，除了故事的主人公是一个能干、虔诚、健康、善良的名叫汤姆的黑人外，汤姆叔叔的小屋具有一定的象征性。
整本书主要讲农奴制给黑奴带来的种种痛苦。在阐述了黑奴是毫无保障的，大多数的黑奴命运都很凄惨。
书中的宗教色彩也很浓。汤姆坚信上帝的存在，相信善良的人死后会步入天堂，甚至认为应该善待敌人，例如，他认为残暴的农场主烈格雷只要皈依基督，也应受到上帝的保佑。
原本汤姆是希比尔先生家做监工，他受过良好教育、为人诚实，深受主人的器重和信任，同时，他待人和善，与希比尔家的其他黑奴相处融洽，每逢周末这些黑奴便聚在汤姆家（汤姆的妻子克鲁伊是希比尔家的女厨，育有两个儿子和一个小女儿）里一起读圣经，唱赞美诗。希比尔的儿子乔治少爷和汤姆的感情很好，他教汤姆认字，给汤姆读圣经。
一切看起来还不错，但由于希比尔经营不善而欠下黑奴贩子赫利一大笔钱，在不得已的情况下，希比尔先生卖掉了汤姆和侍女艾利查的儿子哈里这两个比较值钱的奴隶。
因此，故事就按两条线路展开了，一边是艾利查和她的丈夫乔治追求自由，反抗压迫最终走向幸福；一边是汤姆逆来顺受，能干听话却终以悲剧收场。这两条主线是鲜明的对比，预示着奴隶制是杀人的制度，不管你多能干多虔诚都难逃厄运！
艾利查无意间听到了主人要将她唯一的爱子哈里卖掉，（艾利查的丈夫很聪明，他在工厂里发明了一种机器，却由此遭到主人的嫉妒，处处为难他，他决定逃到加拿大去，那里每个人都是自由人），艾利查连夜带着儿子也逃往加拿大并顺路将哈里和汤姆被卖的事告诉了汤姆一家，克鲁伊大婶希望汤姆也逃走，听到这个事实后汤姆悲伤的望着他的孩子，但他认为只要是主人需要，他情愿被卖，也不想主人因他得逃离而家破人亡。
艾利查能顺利逃亡，期间得到了很多人的帮助，首先就是希比尔夫人，她暗示手下尽量拖延人贩子赫利追的时间；其次，在危机关头，艾利查跳上冰划子，奇迹般的逃过了赫利的追捕等等。总之，她在一些好心人及教友会的帮助下和丈夫乔治相遇并逃到了加拿大，在文章的结尾，艾利查的母亲卡西和乔治的姐姐找到了他们，他们一家团圆，还生了个女儿，拥有一个美满的结局。
相比之下，汤姆如同一个殉道者，他被希比尔先生卖给赫利后，在运往南方的途中遇到了伊娃和他的父亲，伊娃的父亲是个善良的农场主，他把汤姆买下了，是个不错的归属。可惜好景不长，随着伊娃的逝世，圣克莱尔准备还汤姆自由身但手续还没办完之时，圣克莱尔先生在酒馆里劝架时被误伤了，汤姆的命运一下子从天堂门口跌落到了地狱底层，他又一次被卖，并且落到了凶狠的农场主烈格雷手中，列格雷希望把汤姆培养成一个没人性的监工，随着他的这个计划一步步失败汤姆也一步步被折磨致死。
整本书到是对比。包括受法律保护的白人奴隶主和毫无保障的黑人奴隶之间的对比，是否是虔诚的教徒和是否受到过教育之间的对比等。
例如，同样是夫人，希比尔夫人和圣克莱尔夫人在对待自己的仆人上就有很大的区别，希比尔夫人的贴身女仆艾利查受到了良好的教育并在希比尔夫人促成下和乔治结婚，在得知爱子被卖后在逃跑时，希比尔夫人没有指责她而是祈求上帝保佑她能顺利逃脱，并暗中帮助她逃跑，而圣克莱尔夫人玛丽的贴身女仆妈咪却没有那样幸运，玛丽是个贵族人家的小姐，以自我为中心，打心眼里认为仆人就是要把主人伺候舒服，因此妈咪可能在夜里要被叫醒二十几次，还要求忘了离她较远的丈夫和孩子，一心服侍主人。
同样是农场里奴隶主的监工，希比尔先生家的汤姆，圣克莱尔家的阿道夫，烈格雷家的昆博和桑博。汤姆老实能干深受主人和其他黑奴喜欢；阿道夫有点阳奉阴违，主人还没有说不要的衣服他也敢拿来穿，他还学主人的样子洒香水，在其他人眼里，他是个被宠坏的奴隶，主人觉得需要对他严加管教，但也有点无可奈何，因为男主人很善良也理解它们，因此整个家里的奴隶比较散漫；而昆博和桑博像是残暴的烈格雷养的两条恶狗，他们不仅相互残杀，而且对烈格雷家的其他奴仆很凶残，人性丧失殆尽。
同样是农场主家的小主人，伊娃和她的堂兄，以及希比尔家的小主人乔治，也是各具特点。他们都受到了良好的教育，但人性相差巨大，造成人性的差距的因素除了遗传外，很大部分是受父母以及身边环境的影响。伊娃像个天使，是他父亲存在的最大的慰藉；伊娃的堂兄恩瑞克性子急躁，对他的贴身男童多多想打就打，想踢就踢；而乔治也是天性善良。
类似的对比俯首皆是，当能奴隶主和奴隶之间的对比更是书中一直重点强调的。
这本书中还写到了多种感情：有爱情，我们会因圣克莱尔与他迷恋的女子相爱却最终阴差阳错没能在一起而感到遗憾，会对艾利查和乔治间坚贞的爱情寄予祝福，会对汤姆和克鲁伊的朴实而真挚的感情感到动容；有手足情，例如圣克莱尔和他的堂姐奥非利亚两个在他人眼中互不相容的两个人却从小相处融洽，他们在讨论奴隶制时我们会发现他们都有自己的观点，都有自己的脾气，但在最深处却是相通的，圣克莱尔和他的哥哥艾尔费雷德是两个性格完全不同的人，一个像母亲温顺，多愁善感，一个似父亲暴躁，世俗，但他们照样可以手挽手走在小道上，这也许就是无法割舍的手足情，我们可以意见不同，可以面红耳赤，但随时我们都可以放下不同手拉手亲亲密密，在书中的手足情还有黑奴乔治和他的姐姐都德夫人等；有母子之情，艾利查明知逃跑有多危险，但一想到自己的爱子哈里要被带走，她便义无反顾等。
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