思想的方法主要有三种：逻辑的方法、体验的方法与玄思的方法。读书要能应用思想方法，才不会做书本的奴隶。以下讨论怎样用思想的方法来读书。
逻辑与数学相依为命，逻辑方法即是应用数学的方法来研究思想的概念，来理解自然与人生的事实。逻辑方法的目的在能给我们有普遍性、有必然性的知识。换言之，逻辑方法要给我们坚实可靠、颠扑不灭的知识。必定要这种知识才够得上称为科学知识。逻辑方法与数学方法一样，有一个特点，就是不问效用如何、结果好坏、满足个人欲望与否等实用问题。譬如，有一个三角形于此，数学不问此三角形有何用处，不问此三角形是谁画的，更不问画三角形、研究三角形有何利益。数学只求证明三角之和必等于两直角，这是三角形的本性或本质，是一条有普遍性、必然性的真理。所以一个人是否用逻辑方法思想，就看他是否能扫除那偶然性的事实，摆脱实用的目的，而去探讨一物的普遍必然的本质。应用逻辑方法来读书，就要看能否把握其所讨论的题材的本质，如是就可以判断书的学术价值的高下。同时，我们读一书时，亦要设法把握一书的本质或精义，用种种理智的活动以求了解此书的内容。
体验方法即是用理智的同情去体察外物，去反省自己。体验法最忌有主观的成见，要虚心忘我，深入事物的内在本质或命脉，以领会其意义与价值，而不从外表去加以粗疏的描写或概括。此种方法，用来体察人生，欣赏艺术，研究精神生活或文化创造，特别适用。朱子所说的"虚心涵泳""切己体察""沉潜玩索"，都是体验的方法。应用体验的方法来读书，使自己沉潜浸润于书籍中，设身处地，用一番心情，费一番神思，以审美、欣赏艺术的态度去读书，从中感觉书之可乐可好、智慧之可爱。把读同代人的书当成与作者交流思想、沟通学术文化的途径。把读古书当作与古人晤对的精神生活，神游冥想于古籍的宝藏里，与圣贤的精神相交接往来，含英咀华，体会古人真意，发挥自己的心得。由此而深造有得，则其所建立的学说，所发出的议论，自有一种深厚纯朴、中正和平之气，而不至于粗疏浅薄。
所谓玄思的方法，最简易地讲来，可以称为"由全体观部分，由部分观全体"之法。只知全体，不知部分，则陷于空洞。只知部分，不知全体，则陷于支离琐碎。必由全体以观部分，各部分才可以各安其分，各得其所，不致起争执矛盾。必由部分以观全体.才可以见得部分的根本所寄、归宿所在，而不致执著一偏。如朱子之今日格一物、明日格一物，而达到豁然贯通的境界。他又能由太极之理、宇宙之全，而观一事一物之理，而发现本末精粗，条理井然，"枝枝相对，叶叶相当"。用此方法读书，即是由约而博、由博返约。譬如：读一篇文字，由一字一句以表明全篇的主旨，就是由部分观全体之法;由全篇文字的主旨，以解释一字一句应有的含义，便是由全体观部分之法。此外如由整个时代的文化以观察个人的著作，由个人的著作以例证整个时代的文化，也可以说是应用由全观分、由分观全、多中见一、一中见多的方法来读书。此种玄思的方法，认为著作、思想、世界都是一有机体，有如常山之蛇，击首则尾应，击尾则首应。故读书，了解思想，把握世界，须用以全体观部分、以部分观全体的方法。高考资源网
总之，要从读书里求得真实学问，须有严格的方法，以逐渐养成研读伟大著作的勇气与能力。
