长期股权投资在取得时，应当按照实际成本作为初始投资成本。事业单位以现金取得长期股权投资的，应当按照实际支付的全部价款(包括购买份款和相关税费)作为实际成本。实际支付价款中包含的已宣告但尚未发放的现金股利，应当单独确认为应收股利。事业单位以现金以外的其他资产置换取得的长期股权投资，其成本按照换出资产的评估价值加上支付的补价或减去收到的补价，加上换入长期股权投资发生的其他相关支出确定。
长期股权投资在持有期间，通常应当采用权益法进行核算。事业单位无权决定被投资单位的财务和经营政策或无权参与被投资单位的财务和经营政策决策的，应当采用成本法进行核算。
采用成本法核算时，长期股权投资的账面余额通常保持不变，但追加或收回投资时，应当相应调整其账面余额。长期股权投资持有期间，被投资单位宣告发放现金股利或利润时，事业单位应当按照宣告分派的现金股利或利润中属于其应享有的份额，确认为投资收益。
采用权益法核算的，事业单位应当根据其在被投资单位所享有的所有者权益份额的变动对长期股权投资的账面余额进行调整。
(1)被投资单位实现净利润或发生净亏损的，事业单位按照应享有或应分担的份额，确认投资损益，同时调整长期股权投资的账面余额。事业单位确认被投资单位发生的净亏损，应当以长期股权投资的账面余额减记至零为限，事业单位负有承担额外损失义务的除外。祓投资单位发生净亏损，但以后年度又实现净利润的，事业单位应当在其收益分享额弥补未确认的亏损分担额等后，恢复确认投资收益。
(2) 被投资单位宣告分派现金股利或利润的，事业单位按照应享有的份额，确认应收股利，同时减少长期股权投资的账面余额。
(3)被投资单位发生除净损益和利润分配以外的所有者权益变动的，事业单位按照应享有或应分担的份额，确认净资产(权益法调整)，同时调整长期股权投资的账面余额。
以货币资金取得长期股权投资、投资持有期间收到现金股利或利润时，还应进行预算会计处理。
