这是有关被子植物起源的核心问题,也是争议最多的问题。在探究此问题之前,首先要清楚被子植物是否单系类群及其内各大类群之间的关系。
被子植物各类群之间形态学、生态学等方面的差异很大,许多学者都认为它不可能是单系类群。然而,由于被子植物的许多共性,绝大多数的学者都认为被子植物属于单系类群。分支系统学的分析结果可以对某一类群是否为单系类群进行自检。大量关于种子植物的分支系统学分析(尤其是基于分子数据的分析)的结果已经使得人民广泛的接受了被子植物是单系类群的观点。
关于被子植物的原始类群及其祖先的讨论,可分为三个阶段。
20世纪90年代中期之前,关于被子植物的起源问题主要体现在"假花说"与"真花说"的对立。假花说认为,被子植物的花是从单性的裸子植物的繁殖器官演化而来的,因此现生被子植物中具小型的、简单的、单性的风媒花的类群,即柔荑花序类,是原始类群。真花说认为,被子植物的花是从类似于裸子植物的本内苏铁目(Bennettitales, 已经绝灭的化石类群)的一个不分支的、两性的、其上螺旋状排列着胚珠和花粉器官的孢子叶球演化而来的,因此现生被子植物中具有较大型的、两性的、多离省心皮和雄蕊的、虫媒花的木兰科及其近缘的科是原始类群。由于化石资料的不断积累以及分支系统学的分析结果不断报道,现今真花说已被广泛用于几大被子植物的分类系统。关于被子植物祖先类群的讨论,也由于真花说的广泛认可而得到了较为统一的认识,即被子植物最直接的姐妹群是买麻藤目,而买麻藤目以及被子植物共同构成了本内苏铁目和五柱木(Pento_ylon,已绝灭的化石类群)的姐妹群。继续追溯下去,则种子厥的开通尼亚目(Caytoniales)可能是本内苏铁目加五柱木加买麻藤目加被子植物的共同的姐妹群。
继续"真花说"与"假花说"的争论之后的是木本木兰说和古草本说的对立。木本木兰说直接源于真花说,认为的被子植物是一种木质的灌木或小乔木,具多心皮的花,舟形的、具覆盖层的、瘤状纹饰的花粉,因此木本木兰类(magnoliids)中的木兰目(Magnoliales,包括Winteraceae, Magnoliaceae, Myristiceae, Austrobaileyaceae, Degenericeae等科)处于被子植物系统树的基部。古草本说的化石证据近年来出现较多,该说法认为,原始被子植物可能是小型的、具根状茎或攀缘习性的、具细小简单花的多年生草本植物。"古草本"一词现指木兰类中除了木本木兰类之外的所有植物类群的总称,是一个常具较简单的单性花的类群,包括胡椒科(Piperaceae)、马兜铃科(Aristolochiaceae)、睡莲科(Nymphaeaceae)等。
关于被子植物的起源问题的最新成果是根据分子系统学的研究成果。一个被简称为"ANITA"的类群组合被认为位于被子植物系统树的基部,并代表了现生的被子植物的最原始类群。其中,Amborellaceae("A")被认为是其他所有现生被子植物的姐妹群。"N"为睡莲目(Nymphaeales),"ITA"的类群组合包括:Illiciaceae,Trimeniaceae,Austrobaileyaceae等科。目前的研究成果采用的多基因、多类群的方法,所分析的类群数量多,所采用的特征多,分子生物学数据量大,因此所获得的系统树被认为是及其可靠的。后来的研究成果虽然有的对新系统树的准确性有些争议,但是并没有动摇新系统树的基本框架。