在确认收、发件人后，就应对其内容进行审查，之所以这样，是因为短信不像其他的证据那样容易鉴别。一般的书证内容，若有所改动，基本上可以辨别出来，就算常人难以辨认，专业鉴定的结果基本上也是可以保证的。对于短信而言，却并非如此。我国目前的司法鉴定还未将像E-mail、手机短信之类的新类型证据，纳入到鉴定范围之内。
据笔者掌握的手机类型而言，某些手机具有重新编辑、修改手机短信并具有不留下任何“蛛丝马迹”的功能。更为严重的是，由于手机短信的信号、接收信息的功能都在手机SIM卡中，也就是说，是SIM卡收发信息，手机只起着媒介、载体的作用。收件人完全可以在可编辑的，并且修改后无痕迹的手机中对收来的短信进行修改，而后再装入不具有此项功能的手机中，以此作为其对于短信修改可能性之抗辩。这样就很难认定其短信的真伪。
另外，短信服务商或者运营商只记录每条短信的收发时间及收发方的手机号码，对于其内容一般并不记录(虽然他们具有记录短信内容的能力)，所以，这就可能造成对其证据真实性或许根本无法弄清的事实。在审查其内容时，有学者认为，“法官在诉讼中一味强调原告必须证明手机短信未曾受到过任何改动，是非常不现实的，甚至是不可能的，因此对手机短信真实性的认定只能“退而求其次”。从国外的经验来看，通常的做法不是采取直接认证方式――鉴定来解决，而是借助间接认证方式――推定、自认与具结等加以处理。 笔者认为，推定作为采纳电子证据的第一准则，在审查短信证据的可信性及可靠性时，可以基于案件事实间的内在关系和联系，以及合理的一般的逻辑关系进行运用。
三、手机短信作为证据的证明力判断
前文已述，由于手机短信的易改性、不留痕迹性的特点，同时，受网络、环境、技术等多方面的影响致使其容易出错，因此，一般而言，手机短信应当归入间接证据。其最大的特点在于证明力的或然性，即其只能佐证与案件有关的个别情节或片段。在运用其证明案件事实时，应注意：首先，必须有足够的证据数量，并使之与其他的证据形成一个完整的、有效的、严密的证据锁链。其次，在其与其他的间接证据之间必须协调一致，若有矛盾，可基于非法证据排除规则等方法予以排除。再次，结合全案的其他的间接证据，进行综合性的判断。具体的考察方面包括：取证环节是否完整，证据形成是否存在瑕疵，与其他证据是否有矛盾等等。
