鲁弗斯·斯克林杰接替康奈利·福吉成为了魔法部的部长。
西弗勒斯·斯内普施放了牢不可破的誓言，他向德拉科·马尔福的妈妈保证，他会在德拉科·马尔福的第一个食死徒任务中进行保护和帮助。
哈利·波特和阿不思·邓布利多成功说服了霍拉斯·斯拉格霍恩重返学校，担任魔药课教师，而西弗勒斯·斯内普教授则如愿以偿，成为了黑魔法防御课老师。
在第一节哈利·波特还没发到书的魔药课上，霍拉斯·斯拉格霍恩借给了哈利一本旧的魔药课课本。哈利发现，这本旧课本上面签着“混血王子”这个名字，此外这本书上还有很多笔记。
而哈利靠着这些笔记取得了甚至比赫敏·格兰杰还要优秀的魔药课成绩。
而另一方面，哈利的情感也日渐成熟，在心底对金妮的迷恋越发强烈；
赫敏和罗恩的感情也出现了摩擦：罗恩挽着拉文德的手走来走去，赫敏独自吃醋……
邓布利多用他的冥想盆向哈利展示了一些伏地魔过去的情况，并且认定伏地魔在过去曾经把自己的灵魂分成七份，并且将其中的六份藏入了魂器（一些可以永世长存的魔法物品）中。
其实，伏地魔的两个魂器已经被摧毁了，其中一个是被哈利·波特毁掉的汤姆·里德尔的日记（在《哈利波特与密室》中有提到），另一个是由邓布利多毁掉的马沃罗·冈特的戒指。
邓布利多相信想要杀死伏地魔，另外四个魂器也需要毁掉。
所以，他和哈利前去取回萨拉查·斯莱特林的挂坠盒。邓布利多因为喝掉了保护挂坠盒的药剂而变得非常虚弱
他们两个返回后发现黑魔标记出现在霍格沃茨魔法学校，这表示食死徒来到了霍格沃茨魔法学校并与教职员和学生发生了战斗。
邓布利多用石化咒将哈利定在墙边，披着隐形衣动弹不得，而由于该咒语消耗了时间，使邓布利多失去了保护自己的机会，被德拉科·马尔福解除了武器（老魔杖）。德拉科·马尔福表示是他用了一整年修好了消失柜并把食死徒带进了学校。
后来更多的食死徒赶到现场，催促德拉科·马尔福完成任务。但是，德拉科·马尔福面对邓布利多显得十分犹豫。
此时，西弗勒斯·斯内普来了。看到斯内普的到来，邓布利多发出了请求：“西弗勒斯......请求你......"随即，西弗勒斯 斯内普用“阿瓦达索命”这句咒语杀了邓布利多，履行了他和德拉科·马尔福的妈妈的誓言。
后来，哈利一路追击西弗勒斯·斯内普（同时斯内普称自己就是“混血王子”，并早已发现哈利得到了自己以前的这本魔药书）和德拉科·马尔福，但是他们仍然逃出了霍格沃茨魔法学校。
麦格教授成为了霍格沃茨魔法学校的临时校长，但是学校很可能将会因为不安全而被关闭。
哈利发现他和邓布利多辛苦得到的斯莱特林小金匣是假的，真的挂坠盒被一个署名为R.A.B.的神秘人物取走。
在邓布利多的葬礼结束之后，哈利决定无论怎样他都不回学校继续学习，而是去投身于毁掉伏地魔的所有魂器，并且立志最终战胜他，而罗恩和赫敏也表示他们会跟哈利一起执行这使命。
