(1)审判机关:在中央,将原来的大理寺改为大理院,为全国深审判机关,并有权解释法令。置正卿和少卿各一名总理院务,设刑事科、民事科和有关审判庭。遇到案件组成合议庭审理,重大事务由“总会”决定。在地方,建立高等审判厅、地方审判厅和初级审判厅。高等审判厅设于京师和各省城,地方审判厅设于京师和府、州,初级审判厅设于各县。高等审判厅实行合议制,地方审判厅的一审案件实行推事独任审判制,上诉案件实行合议制,初级审判厅实行独任审判制。1907年后,由天津开始,一些地区相继建立了地方审判厅
(2)司法行政机关:在中央,将原来的刑部改成法部,成为掌管全国司法行政事务的行政机关,长官仍称尚书。在地方,将各省原来的提刑按察使司改建为提法使司,设置提法使,负责管理各省司法行政事务,并有监督各审判厅和调度检察事务之权。
(3)检察机关:晚清开始建立检察机关,分为4级,即总检察厅、高等检察厅、地方检察厅和初级检察厅。但各检察厅不独立设置,而是设置在各审判机关内。各级检察厅的职权大体包括:对刑事案件进行侦察、提起公诉、实行审判监督、作为民事案件的诉讼当事人或者公益代表人。
(4)部院之争:法部侍郎张仁黼曾于1907年上奏朝廷,主张法部应拥有死刑案件的复核权和对各级审判机关的监督权,大理院正卿沈家本则认为,根据“三权分立”原则,审判权应由大理院独立行使而不应受行政机关的干预。