贞观六年(632年),马周被任命为监察御史,每次奉命出使都符合唐太宗的旨意。唐太宗因常何举荐得当,赐给他帛三百匹。
马周上奏了多条谏言,都被唐太宗采纳,不久授予他侍御史头衔,担任朝散大夫的职务。
贞观十一年(637年),马周又上奏了多条谏言,唐太宗看过后,对其很是称赞。不久任命他为给事中
贞观十五年(641年),马周升任治书侍御史,兼任谏议大夫,又兼检校晋王府长史。晋王被立为皇太子时,他被任命为中书侍郎,兼任太子右庶子
贞观十七年(643年),唐太宗命马周与黄门侍郎刘洎、中书侍郎岑文本、太子宾客褚遂良,隔一天前往东宫一次,与太子李治一起游览参观,研究学问
贞观十八年(644年)四月九日,唐太宗前往太平宫,对侍从的官员说:“臣属听话的多,直言冒犯的少,我打算听一听我有什么过失,各位实话实说,不要隐瞒。”
”马周说:“陛下最近所做的赏罚有点儿以自己喜怒作标准的倾向,除此之外看不到其他过失。”唐太宗接受了他的建议
贞观十九年(645年),唐太宗返回后,马周以中书令的身份代理吏部尚书。