①观察和试验是本草药研究的基本方法。李时珍对药物采用亲自采集、仔细观察,以得其真的方法,获得很大成功。分类是科学研究的重要任务,分类使药物研究体系化,关键还是如何确立分类的标准。李时珍打破本草学沿用已久的上中下三品分类法,建立了三界十六部分类法,使分类体系更为科学化。此外,他还在陶弘景主治药分类法基础上,建立了更完善的百病主治药分类法,创立了药物归经分类法
②李时珍为弄清每味药物,提出释名、集解、辨疑、正误、修治、气味、主治、发明、附方八项任务,这八项不是每味药全有,有的五项、六项不等。实际上是对每味药既作出系统分析,又进行了全面综合,而在分析基础上,又作了高度概括和综合
③批判继承和调查研究是李时珍研究的重要方法。他研究每味药,总是先参考诸家本草,考核诸家异同,用自己观察试验结果,加以参证:《本草经》中只载枸杞之名,未言明药用部位;《名医别录》指出根大寒,子微寒;《药性论》谓枸杞甘平、子、叶皆同,《本草衍义》说枸杞是梗皮,李时珍说:“窃谓枸杞:苗、叶,味苦甘而气凉;根,味淡气寒;子,味甘气平,气味既殊,则功用当别。此后人发前人未到之处也”。李时珍经过研究,在批判继承的基础上,推陈出新,“发前人未到之处”,这种精神,贯穿于他的全部研究活动中