无孔亚纲Anapsida：最原始的爬行动物，出现于石炭纪晚期，现存仅存龟鳖类
杯龙目Captorhinid：最原始的爬行动物，接近于两栖动物，其中有些原本置于杯龙类的成员现已移入两栖动物
中龙目Mesosauria：原始的水生爬行动物，主要生活于二叠纪
龟鳖目Testudinata：古老而特化的爬行动物，与其它爬行动物的关系尚不明确，其中有两个亚目从中生代一直延续到现代，与其祖先类型没有太大的变化
侧颈龟亚目Pleurodira：颈部侧向折回壳内，现主要为南半球的淡水龟类，史前分布较广泛，我国有化石
侧颈龟科Pelomedusidae：现分布于非洲和南美洲的侧颈龟类，其中一种分布到了阿拉伯半岛
蛇颈龟科Chelidae：现分布于大洋洲和南美洲的侧颈龟类，有些种类颈部很长，我国有化石
曲颈龟亚目Cryptodira：包括现存的大多数龟鳖类，分布广泛，陆地、淡水和海洋中均能见到
鳄龟科Chelydridae：分布于北美洲的两种大型淡水龟，头大而嘴成钩状，性情凶猛
平胸龟科Platysternidae：仅一种，分布于亚洲，有些类似啮龟而体型小，分类地位不定，也有人将其归入啮龟科、龟科、潮龟科或陆龟科
潮龟科Bataguridae：主要为旧大陆的淡水龟类，包括一些我国最常见的龟，常被并入龟科
陆龟科Testudinidae：陆栖的龟类，分布于澳洲以外的世界各地，包括一些海岛
泥龟科Dermatemydidae：现存仅一种，分布于中美洲，我国有很多化石
动胸龟科Kinosternidae：分布于新大陆的淡水龟类
鳖科Trionychidae：外表为皮肤而非角质盾片，主要分布于亚洲淡水中，非洲和北美洲也有分布，而澳洲只有化石
两爪鳖科Carettochelyidae：外表为皮肤而非角质盾片的淡水龟类，现存仅一种，分布于新几内亚和澳洲北部，我国的化石种类无盾鳖可能属于此类
海龟科Cheloniidae：生活于海洋中的具角质盾片的大型龟类
棱皮龟科Dermochelyidae：生活于海洋中的不具角质盾片而为皮肤覆盖的大型龟类，现存仅一种，是现存最大的龟鳖类
下孔亚纲Synapsida：即似哺乳爬行动物，是哺乳动物的祖先，生活于古生代晚期和中生代
盘龙目Pelycosauria：早期的似哺乳爬行动物，是出现于石炭纪晚期的第一批爬行动物之一，灭绝于二叠纪
兽孔目Therapsida：进步的似哺乳爬行动物，出现并繁盛于二叠纪，于三叠纪进化成哺乳动物，只有少数残存到三叠纪之后。其中晚期的进步类型与哺乳动物没有什么差别
