北京国家会计学院和《新理财》杂志社共同发起的“中国企业十大财务难题”的调查显示，困扰国内企业的十大财务难题中与全面预算管理有关的就占了七项。其中问题内容、回答比例及顺序分别是：（1）内控制度没有有效执行，有制度无问责占到总体的63.83%，在所有财务难题中排名第一；（2）领导对财务工作不重视、中高级管理人员不懂财务占到57.48%，排名第二；（3）绩效考核指标设计不合理、激励机制不完善所占比例达到了50.79%，排名第四；（4）会计信息不能满足内部经营管理需要，财务指标与经营指标不匹配为43.44%，排名第六；（5）全面预算管理实施效果不佳，没有与战略很好配合为39.76%，排名第八；（6）企业没有明确可行的战略目标为38.85%，排名第九；（7）财务人员素质不高，管理分析能力差为38.19%，排名第十。
这一调查揭示了国内企业在实施全面预算管理过程中所面对共性问题的两个方面：一方面，越来越多的企业已经开始意识到现代财务管理工作的重要性，诸如全面预算管理及与之相辅相成的企业内部控制、战略规划和绩效考评等管理手段在形式上已经被越来越多的国内企业所采用；另一方面，这些管理工具在实际实施过程中效果差强人意，原因归纳起来有以下几方面。
第一，管理层认知程度不一。国内企业中大部分高层领导不具备现代企业管理所必需的财务知识，对现代企业财务管理的理解还停留在会计记账、做报表的层面上，对全面预算管理这样的系统工程认知不足并缺乏足够的重视。
第二，信息系统应用不足。传统上，国内企业的财务信息往往从不同的运营环节、工作表和信息系统中获取，经财务部门汇总加工后再呈报给管理层。预算管理方面，许多企业还停留在手工管理阶段，没有专用的预算信息系统，于是预算编制效率低、耗时长、反馈慢，导致预算管理的实施结果对企业决策的支持因实效性差而失去意义。
第三，绩效考核与执行结果脱节。国内企业在深刻分析业务特点和分解战略目标基础上设计关键绩效指标体系，同时将定性和定量指标与业务内容相结合方面普遍没有经验。绩效考核基准的缺陷导致考评结果不能真实反映情况，有效的激励也无从谈起。
第四，组织学习能力缺失。缺乏对全面预算编制与执行效果的系统分析和改进机制，很少在内部针对全面预算管理各个环节的实施形成一套完整的经验收集、分析和反馈的体制。全面预算管理即使被采用，但由于准确性低下，长期得不到解决而导致对管理决策的支持始终停留在低水平上，在历史经验无法被有效吸收的情况下，学习曲线的效果无法体现。
第五，忽视现金流量管理。全面预算管理对战略目标的落实过程也就是价值管理的实现过程。但与忽视现金流量管理情况相一致的是，国内企业在设计预算管理框架时往往侧重于权责发生制口径，弱化或没有收付实现制的预算编制。由于权责发生制和收付实现制口径的预算执行和分析的着眼点不同，管理层在贯彻价值管理的过程中决策和判断基础先天不足，没有对现金流量的准确判断和严格管理就无法将业务执行结果与价值管理目标模型相对照。
第六，其他管理环境要素。全面预算管理的有效性离不开其他内外部管理环境要素的质量。公司治理水平普遍较低、管理团队专业素质不足、企业文化传统上崇尚人治而非法制等问题都在不同程度上影响了全面预算管理达到其应有的效果。
