1、对往来款项的函证情况普遍执行不到位。对应收款项、应付款项的审计程序有的只有账账核对、账表核对，缺少必要的账龄分析和函证程序；有的虽然发函但在回函很少的情况下，没有执行任何替代程序即予以确认。如某事务所对某物资公司的审计，公司其他应收款金额为7225万元，占资产总额34.74%，未实施函证的审计程序，也未执行任何替代程序即予以确认。
2、存货监盘程序普遍实施不到位。对实物资产的审计，一般只取得了客户提供的明细表或者盘点表，没有事务所的监盘或抽盘记录，有的虽然有盘点或抽盘记录，但没有将盘点日的数据倒扎至报告日进行核对，使执行的审计程序不能达到审计目的；对因客观原因不能执行监盘或抽盘的实物资产，没有执行相关的替代程序；底稿中缺乏审计人员对大额资产产权的关注，如金额较大的固定资产的发票、进口设备的报关文件、在建工程的施工许可证、房屋与土地使用权证及其有关的抵押事项等。
如某事务所审计的某装饰工程存货金额为1234万元，占总资产38.77%。其中工程施工1230万元，注册会计师未按工程项目编制明细表，未关注工程进度情况，也未进行实物监盘的审计程序。
3、长期投资底稿未标明投资比例及核算方法。对于合同约定所占比例较大的投资，没有检查长期投资是否采用权益法核算，没有对当期损益的调整是否正确，以及是否应编制合并报表进行判断。
4、收入确认不符合相关准则的规定。如某施工企业当期会计报表确认收入15.3亿元。注册会计师没有取得工程结算收入的确认依据，没有结合工程合同、工程进度等进行收入确认的判断，没有考虑收入确认方法队会计报表的影响。
5、被检查的多数事务所普遍存在对现金流量表审计的工作底稿不充分问题。
6、收集的审计证据不充分、不恰当，不足以对审计结论形成有力的支持。审计人员大量地复印企业的总账、明细账、记账凭证及原始凭证，盲目地搜集无效的审计证据，没有对证据的分析与职业判断轨迹与记录；有的出现审计证据不支持审计结论或二者不一致的情况；有的搜集审计证据不充分且目的性不强，凭证抽查比例过低，不能成为支持审计结论的依据；部分审计项目，对于重要事项没有取得审计证据，检查人员无法进一步判断对审计意见的影响。
如某公司主营业务收入增长106.30%，但主营业务成本只增长了20.41%，2005年度收入增长主要为销售给单一客户,销售额为2,389万元，其中应收账款为1,437万元，该销售无主营业务成本。该交易为临近资产负债日进行的重大异常交易，注册会计师没有充分关注交易对象的财务状况、销售规模、偿债能力等；审计人员未对相关合同条款进行认真检查，未关注其销售是否符合收入确认条件；未关注公司是否已实际发货，未查阅到交货手续，未取得相关验收合格的证明。
7、审计意见类型不恰当。
（1）部分事务所出具的审计报告的保留意见不在正文中披露，而是采用审计事项说明方式叙述。
（2）审计报告中审计范围的界定不正确。某公司是合并会计报表，该所审计的是其母公司会计报表，仅对母公司会计报表发表审计意见而非合并会计报表，但是在审计报告范围段中的表述是“我们审计了后附某公司2005年12月31日的资产负债表以及2005年度的利润表和现金流量表。……”，无形中扩大了注册会计师的责任。
（3）对审计过程中发现的重大问题以会计报表附注披露的方式替代审计报告意见，以此“规避”审计风险，造成审计意见不当。如某企业无形资产-专利2005年期初140万
