一是审批项目繁多。《行政许可法》颁布实施后，虽然经过多次清理，但目前国家工商总局下发的企业登记前置审批参考目录中仍然有112个前置审批项目，而实际工作中涉及的审批项目远不止这些。有些项目是否需要前置审批，执法人员也很难搞清楚，影响投资者依法登记的积极性。
二是审批费用过高。大量的前置审批提高了市场准入的门槛。例如：从事饮食行业领取《卫生许可证》，连同餐具抽检费、健康证费、加之地方硬性规定的装修费等，每户就需要近千元。对农村一个只卖“一条烟、两瓶酒、三瓶饮料、四斤糖”的小店，无疑费用过高。
三是审批部门协调不足。审批工作不统一，不同步，影响了市场准入。有些经营项目涉及到多个审批部门，前置审批文件的有效期各不相同，给经营者带来诸多不便，也使工商部门无所适从。有的业户营业执照还未领到手，前置审批手续已经过期；有的部门只核发证件，不履行监管职责，使行政审批流于形式。例如：从事饮食业的服务人员处在时常变动的状态，当初开业时卫生部门核发了健康证的人员早已变动，而新从业人员根本没有健康证。但因为后续监督跟不上，使健康证及卫生许可证的发放流于形式。同一地址的卫生许可证，只因人员变动，却很难办理卫生许可证。在营业执照申请中需提交计生证，但随之而来的是暂住证、治安费等几百元的收费。经营户是合法做生意，不能因为超生或者办证不方便就不给予办理营业执照。
（三）各部门市场管理制度的不协调是无照经营存在的制度因素。诸如医疗等许多原本由政府包办的行业推向了市场，社会分工的细化又带来了许多新的行业和经营模式，针对这些行业的管理制度往往比较滞后，不可避免地存在一些体制不顺畅、管理不衔接的问题，形成了一些“政策性”、“制度性”无照经营。例如**由于外来人口多，受利益驱使，加之当地卫生部门严格限制个体诊所核发许可证，形成很多黑诊所。
（四）职责不明、执法不严是无照经营存在的人为因素。《无照经营查处取缔办法》对部门之间的“监管顺序”及“主次责任”未作明确规定，相当部分许可审批部门对相关的无证无照经营行为“熟视无睹”，或向工商部门发出行政建议“一推了之”。这些都给工商部门造成很大的责任压力和执法困惑，很多因前置审批“门槛”等体制性障碍造成的无照经营现象，单纯依靠工商机关采取“堵”的办法，不仅难以解决，而且容易激化社会矛盾。另外，在执法过程中，由于受人员素质、人情风盛行等因素的影响，有些执法人员办人情照、发人情证，导致经营者摆人情摊、开人情店。
