蒙古地区。清朝坚持“满蒙一家”的国策,实行盟旗制度,并制定《蒙古律例》,承认蒙古王公权力,也确立了主权。
西藏地区。帝王极为重视。雍正初年即派钦差驻藏办事大臣(简称驻藏大臣)作为中央政府驻西藏地区的行政长官,统领驻藏官兵,督导藏王总理西藏事务。 乾隆时颁布《钦定西藏章程》,后修订为《西藏通制》在确立达赖喇嘛政教合一体制的同时,规定“西藏设驻扎大臣二人,办理前后藏一切事务”, 其地位“与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平行”,但对外事务由驻藏大臣负责。同时设金瓶掣签制决定达赖、班禅转世灵童,由驻藏大臣亲自主持仪式后奏皇帝批准。
青海蒙藏族聚居地区。雍正初置西宁办事大臣,行使统治权,后编成《番例》,实行有针对性的管理。
回疆地区。乾隆时设伊犁将军,为回疆地区最高行政长官,行使统治权。嘉庆年间制定的特别法规--《回疆则例》提升了对这一地区的法制化管理水平。
苗疆地区。“改土归流”:逐渐废除原有土司,改派国家官吏治理。为推行“改土归流”,制定特别法令进行管理。