实现党建总目标，需要对党的建设作出新部署，以进一步规范党的建设的前进方向。十七届四中全会《决定》指出：“全面推进思想建设、组织建设、作风建设、制度建设和反腐倡廉建设，提高党的建设的科学化水平。”党建新部署反映了党建总目标的内在要求，旨在提高党的建设的整体效果，保证党始终成为领导中国特色社会主义事业的坚强领导核心。
首先，完善执政党建设理论是提高党建整体效果的前提条件。党的建设的理论是指导党的建设的指导思想，规定着党的建设的前进方向。由于中国特色社会主义理论体系回答了“建设什么样的党、怎样建设党”的基本问题，因而党的建设的理论基础就是中国特色社会主义理论。但在新形势下理解党的建设理论，需要提升执政思维水平。我们党已经从革命党向执政党转变，党的建设要由马克思主义执政党建设理论来指导。执政党建设理论是相对于革命党建设理论而言的。在革命时代，我们党用马克思主义的革命党建设理论指导中国革命，取得了新民主主义革命的胜利。但如果不从革命党建设理论向执政党建设理论转变，党的事业就会遭受挫折。当前党的建设中存在的某些问题，与残存的革命思维有关。全面推进党的思想建设、组织建设、作风建设、制度建设和反腐倡廉建设，需要我们用马克思主义执政党建设理论来指导。
第二，构建科学的制度是提高党建整体效果的必要保障。十一届三中全会以后，我们党就提出要走制度建党的道路。用科学的制度推进党的建设，是十七届四中全会对党的建设的新要求。科学的制度首先是一个系统。制度是由全部制度要素连接起来的。用科学的制度加强党的建设，需要在党的思想建设、组织建设、作风建设和反腐倡廉建设中提炼制度要素，并通过相互连接而成为一个系统。这样，党的建设才能在整体上取得效果。其次，科学的制度需要注意实体制度与程序制度的统一。党内的实体制度是党的制度体系中的主干，但实施实体制度需要相应的程序制度来保证。因此，用科学制度实施党建的新部署，既要完善实体制度，更要构建程序制度。最后，科学的制度需要强有力的执行来保障。制度是正规则。如果没有强大的执行力，党内的潜规则就会发挥作用。当前党内的制度体系已经建立，关键是提高制度的执行力。要通过制度的执行，把党的思想建设、组织建设、作风建设和反腐倡廉建设落到实处。
第三，运用科学的方法是提高党建整体效果的重要手段。加强新形势下党的建设的根本方法是统筹兼顾。一方面，党的建设与经济社会建设需要统筹兼顾。党内民主与社会民主、党内和谐与社会和谐、城市党建与农村党建等方面的关系是相互联系和相互促进的。用统筹的方法推进党的建设和经济社会建设，可以促进党建新的伟大工程与党的伟大事业的协同发展；另一方面，党的自身建设也需要统筹。党的阶级性和人民性、党内民主与党内集中、党员的权利与党员义务、党的领导与党的执政、党内的思想建设与制度建设、党内教育与党内惩处等方面的关系也是矛盾关系。运用统筹的方法处理党内的矛盾关系，必然会提升党的建设的整体效果。
