在中国古代，《神农本草经》把药物按效用分为上、中、下三品。《神农本草经集注》中除沿用三品分类外，又创造了按药物属性分为草木部、果部、菜部、米谷部的方法。《本草纲目》中采用了自然属性分类法,将所收药物分为16纲60类,并以生理生态条件为依据，将草类药分为山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、石草、苔类等。这是中国古代最完备的分类系统。
医学上一般按药物性能和药理作用分类，中医学常按药物性能分为解表药、清热药、祛风湿药、理气药、补虚药等类别；现代医学常按药理作用分为镇静药、镇痛药、强心药、抗癌药等。药用植物学按植物系统分类，则可反映药用植物的亲缘关系，以利形态解剖和成分等方面的研究。中药鉴定学、药用植物栽培学常按药用部分分类，分为根、根茎、皮、叶、花、果实、种子、全草等类，便于药材特征的鉴别和掌握其栽培特点。
1、开展药用植物良种选育研究，为种子生产提供良种药用植物良种选育工作滞后是整个种子产业的核心问题。没有良种，种子的标准化问题就无从谈起。应鼓励农业科研单位、大专院校以及种子生产企业开展药用植物良种选育工作，从种质资源的搜集评价入手，采用混合选择、集团选择、个体选择以及系统选育等常规育种方法，结合杂种优势利用、不育系利用、辐射育种、航天诱变、倍性育种、分子育种等技术手段，迅速选育出一批相对纯合的骨干品种，为药用植物种子产业升级提供品种依托。
2、开展种子加工、包装和贮藏技术研究，实现标准化品牌化种子生产经营加工技术的研发将显著提高种子加工质量，为实现种子产品的标准化、规范化和品牌化奠定基础，进而打造出一批以药用植物种子品牌化经营为主业的龙头企业，推进药用植物种子产业化进程.
3、加强药用植物种子生理生态研究工作，为种子质量标准制定提供技术支撑开展药用植物种子休眠、劣变、萌发等的生理生态研究，参照农作物种子标准，制定药用植物种子生产技术规程、种子质量分级标准、种子检验规程等，通过种子标准化保证种子质量，提高优良品种质量。目前国家已启动“中药材种子种苗种植（养殖）标准平台” 研究项目，由全国多家单位参与实施100 种中药材种子种苗标准化工程，药用植物种子质量标准的技术支撑体系将逐步建立。
4、加强中药材GAP 认证，建立专业化药用植物种子生产基地结合中药材GAP 认证，严格考察种子生产基地。要按照集中连片、严格隔离的原则，建立稳定的种子生产基地，使种子生产专业化。避免频繁更换繁育基地，而导致种子生产数量不稳、质量不佳的后果。要有计划地对基地农户进行种子法规和繁育知识的培训，提高基地农户的繁种水平。同时加强监督和检验工作，保证种子生产规范化和标准化。
5、明确管理主体，健全法规，完善药用植物种子管理机构政府主管部门统一思想，提高认识，明确管理主体，把药用植物种子管理纳入到国家种子管理体系中，完善各地种子管理部门职能。在《种子法》和各种中药法规的基础上，一方面，建立药用植物新品种审定或认定机制，为药用植物新品种选育搭建平台；另一方面，制定切实可行的规章制度来约束药用植物种子经营行为，为药用植物种子管理严格执法提供依据。
