1.各地政府拥有较大的政策规制空间，产生了地方保护主义。其中，有对当地产品的保护，也有对当地配送商的保护，导致竞争有失公平。
2.质量优先没有科学、统一的标准，专家评议主观随性。药品招标采购中的质量优先原则需要客观的标准，目前各地的标准五花八门。评标现场临时抽调的专家对上千个品种进行质量评价难以客观把握，对配送商的物流能力评判也缺少客观依据。
3.在基本药物的增补和对配送商的选择中，各地政府有行政干预过度现象。各省有进行基本药物增补的权利，增补的多少和原则也不尽相同，因此存在明显的行政化过度现象。对配送商的选择更是如此，招标选择后还必须进行各地区、医疗机构的再次选择，各级行政机构直接参与其中，导致了企业间的政府公关大战。
4.医疗机构拖延货款现象。招标规定回款时间为60天，目前各地医疗机构回款时间普遍在3个月以上，有的甚至达到8个月或一年。由于没有监督机制和处罚措施，医疗机构拖延货款现象难以遏制。基本药物制度试点的医疗机构实施收支两条线，回款时间能否保障决定于政府补贴可否及时到位，业界对此普遍担心。
5.医保部门没有参与药品集中招标采购，未能履行其应有职责。按照国际惯例应该谁买单、谁招标。而在当前的药品招标采购政策中，药费的支付者——医保部门却长期缺位，百姓的利益缺乏代言人。
6.医疗机构没有降低药价的内在动力，基本药物的中标价格与基层医疗机构原实际采购价格差距较大。
7.本土企业与国外企业不同待遇，制约民族企业的未来发展。目前从各地的招标结果可以看出，进口药的价格并没有太大的变化，体现降价的药品主要是国内企业的产品，特别是中成药。药品价格政策给予了进口或合资药品极大地支持和认可，同类品种中标价高出国产品种十倍乃至数十倍，15%的顺价加价政策给予进口合资药品极大的机遇，使其处于绝对的优势竞争地位，对国内企业不公平。
8.药品集中招标采购制度的执行缺少社会监督。违反、曲解药品集中采购制度的行为如果没有监督就永远难以得到纠正。不论是政府，还是生产企业、经营企业，都应该接受社会或公众的监督。
9.药品流通领域倒卖税票、逃税洗钱、经营问题，严重扰乱了药品流通秩序。
10.不允许转配送，增加了物流成本。不允许转配送使得药品生产企业的一级配送商数量急剧增加，增加了物流成本，降低了社会资源的利用效率。
