黄连属多年生草本。根茎黄色，常分枝，密生多数须根。叶全部基生；叶柄长5-12（-16）cm；叶片坚纸质，卵状三角形，宽达10cm，3全裂；中央裂片有细柄，卵状菱形，长3-8cm，宽2-4cm，顶端急尖，羽状深裂，边缘有锐锯齿，侧生裂片不等2深裂，表面沿脉被短柔毛。花葶l-2，高12-25cm，二歧或多歧聚伞花序，有花3-朵；总苞片通常3，披针形，羽状深裂，小苞片圆形，稍小；萼片5，黄绿色，窄卵形，长9-12.5mm；花瓣线形或线状披针形，长5-7mm，中央有蜜槽；雄蕊多数，外轮雄蕊比花瓣略短或近等长；心皮8-12，离生，有短柄。蓇葖果6-12，长6-8mm，具细柄。种子7-8粒，长椭圆形，长约2mm，宽约0.8mm，褐色。花期2-4月，果期3-6月。
三角叶黄连，根茎黄色，不分枝或少分枝，节间明显，密生多数细根，匍匐茎横走。叶片卵形，宽达15cm，3全裂；中央裂片三角状卵形，长3-12cm，宽3-10cm，羽状深裂，深裂片多少彼此密接。花瓣近披针形，雄蕊短，仅为花瓣的1/2左右。
云南黄连，根茎黄色，节间密，较少分枝，生多数须根。叶片卵状三角形，长6-12cm，宽5-9cm，三全裂，中央裂片卵状菱形，先端长渐尖至渐尖，羽状深裂，深裂片彼此流离，相距最宽处可达1.5cm.花瓣匙形至卵状匙形，先端钝。
黄连药品为毛茛科植物黄连CoptischinensisFranch.、三角叶黄连CoptisdeltoideaC.Y.ChengetHsiao或云连CoptisteetaWall.的干燥根茎。以上三种分别习称“味连”、“雅连”、“云连”。
1、味连：药材多数聚集成簇，常常弯曲，形如鸡爪，习称“鸡爪连”，其单枝根茎长3-6厘米，直径0.3-0.8厘米。表面粗糙，有不规则结节状隆起，有须根及须根残基。节间表面平滑如茎杆，习称“过桥”。其上部多残留褐色鳞叶，顶端常留有残余的茎或叶柄。表面灰黄色或黄褐色。质硬，断面不整齐，皮部橙红色或暗棕色，木部鲜黄色或橙黄色，呈放射状排列，髓部有时中空。气微，味极其苦。
2、雅连：药材多为单枝、略呈圆柱形，形如“蚕状”，微弯曲，长4-8厘米，直径0.5-1厘米，“过桥”较长。顶端有少数残基。以身干，粗壮，无须根，形如蚕者为佳品。
黄连与黄芩皆味苦，性寒，色黄，同归于胆、胃、大肠经，皆能清热燥湿，泻火解毒，可治肠辟、下痢等湿热为患之疾，功能有些相似，为临床上所常用。然而，二药无论从药性及其治疗病症来说，又确有所差异。
黄连与黄芩的异同点在于：黄连偏于入心，长于清火解毒，性燥，为心胃之剂，主治心中烦，兼治心下痞，下利，能调胃厚肠，治湿阻生热，止消渴，解巴豆毒，擅除水火相乱之病及蔓延淹久之证。黄芩则长于清肺热，其性虽寒而不燥、能治热阴生湿，主治烦热而出血者，治气热攻血之出血证及小腹绞痛或小儿腹痛，能安胎及治烫伤火疡等。黄连与黄芩，性相近而又各有专长，故二药配伍则更能发挥协同作用，而清化湿热之效益显。
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