1.对中枢神经系统的作用 石菖蒲有镇静作用。煎剂或挥发油均能使小鼠自发活动减少，解除单笼饲养小鼠的攻击行为；亦能延长戊巴比妥钠所致的睡眠时间，对阈下催眠剂量的戊巴比妥钠有协同作用。此外，尚能显著延长戊巴比妥钠的麻醉时间。研究表明：挥发油中的细辛醚是镇静的有效成分，但除去挥发油后仍有镇静作用，提示其镇静成分不只一种。
石菖蒲煎剂对戊四氮引起的小鼠惊厥有一定的对抗作用，与对照组相比，能使自主活动减少，抽搐开始时间推迟，抽搐鼠数较少。挥发油中的α-细辛醚140mg/kg能完全对抗小鼠电惊厥和戊四氮惊厥，并能对抗家兔侧脑室给Ach所致惊厥。除去挥发油的水煎剂亦有作用。
石菖蒲根茎水提取物制成的片剂，在临床上用于治疗癫痫病及其他神经系统疾患，有较好疗效，其挥发油对某些神经系统的动物模型具有显著的生理活性。
2.对心血管系统的作用 石菖蒲挥发油（β-细辛醚）在一定浓度下有使豚鼠冠状血管扩张的作用。临床常用于冠心病、肺心病等属于痰浊气滞之胸痹者的治疗，其机制可能与其能增加冠脉流量有关，还可能与镇静、改善消化机能、平喘、镇咳等作用有关。
3.对消化系统的作用 石菖蒲煎剂内服能促进消化液的分泌及制止胃肠异常发酵，并有缓解肠管平滑肌痉挛的作用。石菖蒲中含的细辛醚能对抗氯化钡引起的离体肠管的兴奋作用。
4.抗真菌作用 菖蒲水浸剂（1：3），在试管内对堇色毛癣菌、同心性毛癣菌、许兰黄癣菌、奥杜盎小芽胞癣菌、铁锈色小芽胞癣菌、羊毛状小芽胞癣菌、腹股沟表批癣菌、红色表皮癣菌、考夫曼-沃尔夫表皮癣菌、星形奴卡菌等皮肤真菌均有不同程度的抑制作用。
5.其他作用 石菖蒲中所含的α-细辛醚有平喘作用，能对抗组胺引起的支气管收缩，并有镇咳作用。临床上对支气管哮喘患者的肺通气功能有改善作用。
有报告指出，石菖蒲煎剂有杀死腹水癌细胞的作用。对垂体后叶素引起的子宫收缩，α-细辛醚有对抗作用。α-细辛醚对金黄色葡萄球菌、白色葡萄球菌、乙型链球菌、粪链球菌、肺炎杆菌等均有抑制作用。菖蒲、艾叶、雄黄合剂熏烟（蒸）2～4小时对金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、变形杆菌有杀灭作用。体外实验发现，石菖蒲煎剂（1：2）能使蛔虫麻痹和死亡70%.
