1.按药用部分命名 以入药部分命名的中药最为广泛，大多数的中药多以其部位作为命名的依据。如葛根、芦根、山豆根、板蓝根、白茅根、麻黄根等，都是以根入药；而枇杷叶、桑叶、侧柏叶、淡竹叶、艾叶、荷叶、紫苏叶等，则都是以叶入药的；以花入药的有芫花、金银花、菊花、厚朴花、月季花等；以种子、种仁入药的则有车前子、芥子、苏子、青葙子、蛇床子、菟丝子、葶苈子、桃仁、杏仁、火麻仁等，以种皮、茎皮及根皮入药的有大腹皮、陈皮、桂皮、秦皮、苦楝皮、地骨皮、桑白皮、白鲜皮、五加皮等；以全草入药的有仙鹤草、灯心草、车前草、老鹳草、金钱草、旱莲草；以茎枝入药的有桑枝、桂枝、紫苏梗等；以藤茎入药的有石楠藤、青风藤、海风藤、络石藤、鸡血藤等。动物药中有以器官、组织入药的，如鸡内金、鹿茸、鹿角、熊胆汁、猪胆汁、海狗肾、黄狗肾等；以虫类动物全体入药的有九香虫、地鳖虫、虻虫、僵虫、全虫等；其他如阳起石、花蕊石、海浮石、寒水石、滑石、滋石、代赭石、炉甘石等，则都是以矿石入药而得名的。
2.按药物产地命名 一般以主产区来命名，多为当地的地道药材。在古代有按当时的国名来命名的：如秦艽、秦椒、吴茱萸等；后世则多以当时的行政区来命名：如四川产的川乌、川芎、川贝母、川楝子、川牛膝等，东北产的北细辛、北口芪、关防风、关木通、辽五味等；浙江的杭白芍、杭菊花等；河南怀庆府（今新乡地区）产的“四大怀药”（怀生地、怀牛膝、怀山药、怀菊花）等，江苏产的苏薄荷、苏藿香等。从国外进口的则多冠以胡、番之名：如胡椒、胡麻仁、胡桃仁、胡黄连、番木鳖、番泻叶等。
3.按药物气味命名 以药物特有的气、味来命名，对于药物的真伪鉴别有一定的意义。如麝香、丁香、木香、沉香、檀香、苏合香、松香、乳香等，都是以其具有特异香气而得名的；又如具鱼腥气的鱼腥草；败酱气的败酱草等，也是以其是特异气味而得名的；而苦味的龙胆草、苦参、苦楝皮等，甜味的甘草、甜杏仁等，多味的五味子，咸味的咸苁蓉，则均以其药味作为命名的依据。
4.按性能命名 以药物性能作用命名：如活血调经的益母草，清肝明目的决明子、石决明，治创伤骨折的续断、骨碎补，泻热导滞的番泻叶，用治疮疡的蚤休，舒筋通络的伸筋草，治风通用的防风，乌须黑发的何首乌，益智安神的远志等。
5.按药物颜色命名 以药物固有的色泽而命名：如白色的白芷、白芍、白菊花、白及、白附子等，紫色的紫草、紫丹参等；红色的红花、红藤、鸡血藤等；青色的青黛、青蒿等，黄色的黄连、黄柏、黄芩、黄菊花、大黄等。
6.按采药季节命名 各种药用植物，都有一定的采收季节，按时采收，即可入药。如早春开花的迎春花，仲夏成熟的半夏，夏至成熟的夏枯草，以夏至前后采收为好的冬虫夏草，冬季采挖的款冬花，四季常青的四季青，经霜采收的冬桑叶，经冬不凋的忍冬藤等，都是以其采收时节而命名的。
8.按人名命名 以最早发现和应用该药的人来命名，带有纪念性质。如“徐长卿”为徐氏最早发现的一种药用植物；其他还有使君子、杜仲、刘寄奴、何首乌等，都是以人名命名。
9.按进口地命名 从国外进口或产于我国少数民族地区的药材，按来源地命名。如番红花主产于西班牙、希腊、伊朗等国家，过去多经西藏输入内地又名藏红花、西红花；高丽参产于朝鲜（古代称高丽），东洋参主产日本国，西洋参主产于美国等。
10.按译音命名 以翻译后的中文音而命名。如诃黎勒即诃子，曼陀罗等。
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