种子通常只有一层种皮，但有的种子有两层种皮，即有内外种皮的区分。种皮常由下列一种或数种组织组成医,学教育网。
① 表皮层 多数种子的种皮表皮细胞由1列薄壁细胞组成。有的表皮细胞充满粘液质，如白芥子等；有的部分表皮细胞形成非腺毛，如牵牛子；有的全部表皮细胞分化成非腺毛，如番木鳖；有的表皮细胞中单独或成群地散列着石细胞，如杏仁、桃仁；也有表皮层全由石细胞组成，如天仙子；有的表皮细胞成为狭长的栅状细胞，其细胞壁常有不同程度的木化增厚，如青葙子以及一般豆科植物的种子；有的表皮细胞中含有色素，如青葙子及牵牛子等。
② 栅状细胞层 有些种子的表皮下方，有栅状细胞层，由1例或2～3列狭长的细胞排列而成，壁多木化增厚，如决明子；有的内壁和侧壁增厚，而外壁菲薄的，如白芥子。在栅状细胞的外缘处，有时可见一条折光率较强的光辉带，如牵牛子、菟丝子。
③ 油细胞层 有的种子的表皮层下，有油细胞层，内贮挥发油，如白豆蔻、砂仁等。
④ 色素层 具有颜色的种子，除表皮层可含色素物质外，内层细胞或者内种皮细胞中也可含色素物质，如白豆蔻。
⑤ 石细胞 除种子的表皮有时为石细胞外，也有表皮的内层几全为石细胞组成，如栝蒌仁或内种皮为石细胞层，如白豆蔻。
⑥ 营养层 多数种子的种皮中，常有数列贮有淀粉粒的薄壁细胞，为营养层。在种子发育过程中，淀粉已被消耗，故成熟的种子，营养层往往成为扁缩颓废的薄层。有的营养层中尚包括一层含糊粉粒的细胞。
通常由贮藏大量脂肪油和糊粉粒的薄壁细胞组成，有时细胞中含淀粉粒。大多数种子具内胚乳。在无胚乳的种子中，也可见到一、二列残存的内胚乳细胞。胚乳细胞的细胞壁大多为纤维素，也有为半纤维素的增厚壁，其上具有明显微细的纹孔，新鲜时可见胞间联丝，如番木鳖。胚乳细胞中有时含草酸钙结晶；有时糊粉粒中也有小簇晶存在，如茴香。少数种子有发达的外胚乳，或外胚乳成颓废组织而残留。也有少数种子的种皮和外胚乳折合层，不规则地伸入于内胚乳中，形成错入组织，如槟榔；也有为外胚乳伸入于内胚乳中而形成的错入组织，如肉豆蔻。
胚是种子中未发育的幼体，包括胚根、胚茎、胚芽及子叶四部分。通常以子叶占胚的较大部分，子叶的构造与叶大致相似，其表皮下方常可看到明显的栅栏组织，胚的其他部分一般亦全由薄壁细胞组成。
胚乳和胚中贮藏的营养物质，主要为脂肪油、蛋白质和淀粉粒。其中以蛋白质的存在最为特殊。种子中的贮藏蛋白质，可能呈非晶形状态，也可能成为具有特殊形状的颗粒──糊粉粒。在植物器官中只有种子含有糊粉粒。因此糊粉粒是确定种子类粉末中药的主要标志。糊粉粒的形状、大小及构造常依植物种类而异，在中药鉴定中有着重要的意义。
近年来应用扫描电镜技术对种子类中药的鉴别研究取得了较大进展，对于区别不同来源的植物种子及某些混乱的种子类中药都有重要意义。聚丙烯酰胺凝胶及其他电泳技术也运用于果实种子类中药材的鉴别。因富含不同蛋白质的药材能产生不同的蛋白质谱带，而作为中药材鉴别的新手段之一。
