差异法（A4-2-1）、协同法（A4-2-2）、共变法（A4-2-3）、类比法（A4-2-4）、排除法（A4-2-5）。
由于临床的复杂性，采用个案药物不良反应的因果关系判断方法所确定的药物与某不良反应之间对应的因果关系，有时仅仅反映了该病例本身，具有特殊性，一般不能推广到其他病人。如果这种病例报道多了，通常，从中可形成药物与某不良反应之间的因果假设，但仍不能肯定，有待通过严密的流行病学设计，调查研究，对假说进行验证或驳斥。即使统计学检验有意义，在下肯定结论时仍应谨慎，尚应符合流行病学的因果判断原则（A4-2-6）
差异法也称求异法，就是从相同中寻找不同的因素，这种不同的因素就有可能是引起医学事件的原因。例如有一人群患有心律失常，当应用传统的抗心律失常药物无效时，停药后又改用胺碘酮，结果有部分患者不仅原有的心律失常未得到控制，却又发生了扭转性室速。同属一组人群，在使用胺碘酮前和后可找出的不同因素正是胺碘酮，因此，可以假设胺碘酮会引起扭转性室速。据此，便可再作进一步的分析性研究。又如尼姑极少发生宫颈癌，她们与普通妇女的差异在于性生活，所以怀疑性生活紊乱是否与宫颈癌有关。
协同法也称求同法。如果在不同的时间、不同的空间或不同人口统计学的人群中的某些人出现了同一种医学事件，就可以采用这一方法提出假设。如某地春节期间发生百余名症状相同的不明疾病，经调查发现病人均有吃涮羊肉的经历，后来证明所吃的羊肉有旋毛虫寄生。
（A4-2-3）共变法共变法又称相偕变异法。如果某种医学事件的发生频率随着某种客观因素的数量变动成正比地相应变动，那么，这种数量变动的客观因素就可能是引起医学事件的原因。轰动全世界的“反应停事件”就是通过这一方法提出假设的，研究者们巧妙地将相关年代反应停的市场销售信息与医学事件联系起来，绘出一个销售总量与病例数的时间分布曲线图。从两条曲线的平行起落关系说明了短肢畸形与反应停的紧密关系，于是很有把握地提出了假设。这种把药物市场信息引人药物流行病学研究的方法，正在被越来越多的人们所采用。
类比法又称类推法。这种方法是把原因不明的医学事件和另一已十分清楚的客观因素进行比较，如有相似之处，说明这种客观因素可能就是引起医学事件的原因。例如瑞氏综合征（Reye‘s syndrome），虽然从几项病例研究中，能了解到服用阿司匹林的儿童中有一部分（报道的比例不等）有该综合征的表现，但以此提出假设，其理由是不够充分的，后来有人发现水杨酸中毒的临床和组织学改变很类似该综合征，于是通过逻辑推理提出了假设。
（A4-2-5）排除法排除法也是一种逻辑推理方法。这种方法是在许多条件相同的人群中采取排除方法，对已知不可能引起某种医学事件的因素逐一排除，最后保留下来而没有任何排除依据的某一因素可能就是引起医学事件的原因。例如1972年在湖北某农村地区有些夫妇不生孩子，经对这一人群进行调查，把生理性不育或曾作节育术和眼用避孕药的夫妇除外，发现余下的不育夫妇并未服用过影响生育的任何药物，唯独值得注意的是，这些夫妇有吃生棉油的现在史。后经研究证实生棉油中的棉酚有杀灭精子的作用并影响男、女双方生殖系统的正常发育。
任何因果关系必有其内在联系，而内在联系是靠一些相关因素连结起来的。因此，在判定因果关系时一定要以这些相关因素作依据，也就是说，首先要考虑假设的“因”与实际上的“果”之间是否存在着相关性。
毫无疑问，联系的强度越大，形成因果关系的可能性也越大。要知联系的强度如何，必须借助于流行病学方法，从而形成药物流行病学自身的思维和实施方法，随着我国药物流行病学工作的向前推进，其方法也必将逐步充实和完善。
评估因果联系的强度，可以通过相对危险度（RR）和比值比（OR）来表达，RR是药物暴露组ADR的危险度（发生率）除以非暴露组ADR的危险度（发生率）。例如在一组接受指定药物的病人中观察到12／1000人年发生某种医学事件，另一组未接受同一药物的病人仅观察到2／1000人年，按上法相除得6.这并非表示事件的发生如何频繁，而只说明暴露组出现事件的频率是非暴露组的6倍。
如因选择性偏倚而不能计算出测定RR所必须的频率或出现无相关的假象时，为了测定RR的估计值，可以应用OR.当暴露组病人的ADR的出现率逐渐下降到罕见水平时，OR就越来越接近RR，大于1的值表示与药物暴露有关的危险度上升，小于1则表示下降。
剂量增加的意义并非仅指投与病人用药量的实际增加，而是以3个途径表达出来的：①投与了增大的药量；②个体存在较大的生物利用度；③用药时间持续延长。以上任何一种或一种以上的途径都代表着加大了的用药剂量。当我们在加大可疑药物剂量的同时，其危险度也随之上升，就可以说这种现象具有剂量效应关系。如果能以剂量效应曲线显示出效应随剂量增加而加大的生物学阶梯图象，就说明可能存在因果联系。确定实际的暴露剂量既不能唯一依据数据库的记录，也不能仅凭病历记载和处方检索，因为病人的依从性不佳很可能造成剂量增加的假象。除非有客观证据能说明病人确实摄取了处方的加大剂量，否则，剂量效应关系是难以成立的。但当尚未肯定剂量效应关系时，并不一定就能排除可能存在的因果关系，因为量效关系并不是因果关系的唯一依据。
如果不同的研究者、不同的研究方法、或在不同的人群中对某一药物引起某医学事件所进行的研究均能获得类似的结果，就会增加这种联系的可靠性程度。这种在联系上的一致性就是因果联系的可重复性；当一研究结果不具有可重复性时，其结果可能就属于假阳性。
当某一可疑药物导致某种医学事件的因果联系被不同的研究者评估时，由于各个研究者所征集到的病例数太少，可能造成研究结果互不一致，或者把握度（检验效能）不足以证实是否存在因果联系。此时，如能利用meta-ana1ysis方法进行分析，往往可获得符合客观情况的结果。
所谓联系的特异性指的是某种药物只会引起某种医学事件，而别的药物则不然。例如反应停致短肢畸形，氯碘羟喹致SMON，乙萘胺致膀胱癌等都是典型的例子。
有因必有果，有果必有因，当病例符合时，可加强事件原因推断的说服力，但当不存在联系的特异性时也不可就因此而排除因果联系。因为此种特异性不可能使每一例药物暴露者都因应用某一特定药物而出现同一种医学事件；也就是说特异性不可能出现在所有药物暴露者身上，就象反应停不可能使每一位怀孕早期用药的孕妇都生下短肢畸形婴儿一样。
先因后果，联系的时间性不仅指“因”必在“果”之前，而且还表示在药物暴露后的一定时间内出现医学事件这一明确的事实。以氯碘羟喹所致的SMON为例，本来是因有腹痛、腹泻才服用该药的，而在服后不久或间隔数日之后又出现了剧烈的腹痛和腹泻。事发的早期，难以和疾病本身的症状相区别，至于伴有的神经症状就完全被忽略了。然而，自提出氯碘羟喹致SMON的假设后，就注意到暴露者的医学事件都是在一定时段内发生的，说明了联系的时间性。反应停事件则具有更独特的时间联系：①只有在早孕4～8周内服药才有导致短肢畸形的可能；②实际上母亲眼药后不久就已形成了胎儿畸形，早产或足月产下的畸形婴儿只不过是事实的延后出现而已。
所谓联系的合理性是指从医学和生物学角度衡量，因果联系的判断是合理的，符合科学逻辑的。例如反应停所致短肢畸形都是在怀孕早期眼药后所形成的，而这一段时间正是胚胎形成期，容易致畸。再如氯碘羟喹致SMON有服药后舌着绿色，尿、粪色亦然的现象，后经检验此着色物质正是致病的氯碘羟喹的三价铁络合物。
