一般均具次生构造。最外层大多为周皮,由木栓层、木栓形成层及栓内层组成。少数根类中药的次生构造不发达,无周皮而有表皮,如龙胆、威灵仙等;或为"后生表皮",如细辛;或为"后生皮层",如川乌。
维管束一般为外韧型,初生韧皮部遭受挤压而被破坏,细胞大多颓废,次生韧皮部包括筛管、伴胞、韧皮薄壁细胞、韧皮纤维等,并有韧皮射线;形成层连续成环,或束间形成层不明显;次生木质部占根的大部分,有导管、管胞、木薄壁细胞或木纤维组成,木射线较明显;初生木质部位于中央,分为几束,呈星角状,其束的数目随植物种类而不同,一般双子叶植物的束较少,为二至六束,又称二至六原型。双子叶植物根一般无髓,少数次生构造不发达的根中央为薄壁组织区域,形成明显的髓部,如龙胆、川乌等。
双子叶植物根除上述正常构造外,还可形成异常构造,主要有下列几种类型:①多环性同心环维管束,如牛膝、商陆等。次生维管柱的外围形成多轮同心环状排列的异常维管组织。②附加维管柱,在维管柱外围的薄壁组织中能产生新的附加维管柱,如何首乌。③内涵韧皮部,又称木间韧皮部,就是在次生木质部中包埋有次生韧皮部。如茄科植物华山参等。④木间木栓,在次生木质部内形成木栓带。如黄芩的老根中央可见木栓环。有的根中的木间木栓环包围一部分韧皮部和木质部,把维管柱分隔成几个束,如秦艽。
其次应注意根中有无分泌组织存在,如油室、树脂道、乳管等;有无草酸钙结晶或碳酸钙结晶。有的根含有多量淀粉粒,有的根含有菊糖。还应注意厚壁组织,如石细胞、韧皮纤维或木纤维等。