钩端螺旋体病中期（器官损伤期）约在起病后3～14日，此期患者经过了早期的感染中毒败血症之后，出现器官损伤表现，如咯血、肺弥漫性出血、黄疸、皮肤粘膜广泛出血、蛋白尿、血尿、管型尿和肾功能不全、脑膜脑炎等。此期的临床表现是划分肺出血型、黄疸出血型、肾型和脑膜炎型等的主要依据。
1.流感伤寒型 多数患者以全身症状为特征。起病急骤，发冷，发热（38～39℃）头痛，眼结膜充血，全身肌痛尤以腓肠肌为显著，并有鼻塞、咽痛、咳嗽等。临床表现类以流行性感冒、上呼吸感染或伤寒。无黄疸，也无中枢神经系统症状，脑脊液正常，肺无明显病变。是早期钩体血症症状的继续。自然病程5～10天。也有少数严重病人，有消化道、皮肤、阴道等处出血；部分严重病人以胃肠道症状为主，如恶心、呕吐、腹泻。可有低血压或休克表现。
2.肺出血型 在钩体血症基础上，出现咳嗽、血痰或咯血，根据胸部X片病变的深度和广度，以及心肺功能表现，临床上可分肺普通出血型与肺弥漫性出血型。
（1）普通肺出血型：临床与钩体血症类似，伴有不同程度咯血或血痰，胸部体征不显，X片显示轻度肺部病变（肺部纹理增加），如不及时治疗，也可转为肺弥漫性出血型。
（2）肺弥漫性出血型（肺大出血型）：在钩体侵入人体后，经过潜伏期和短暂的感染早期后的2～3天，突然出现面部苍白，以后心率和呼吸增快，心慌，烦躁不安，最后进入循环与呼吸功能衰竭。双肺布满湿罗音，咯血进行性加剧，但也可无咯血。主要为广泛的肺脏内部溢血，是近年来无黄疸型钩体病引起死亡的常见原因。X片显示双肺广泛弥漫性点片状软化阴影。病人在临终时大量鲜血从口鼻涌出，直至死亡。如能及时应用青霉素和氢化考的松治疗，多数患者可获转机，3～5天内自觉症状改善，体征亦迅速缓解，肺部病灶多在2～4天内可完全消散。据华西医科大学对本型的研究，认为这是由于机体对病原体及其有毒物质的超敏反应。其理由是：①临床上来势猛，恢复也迅速，肺部病灶消失快，没有血管破裂现象。提示大出血为充血、瘀血和溢血的严重后果；②激素治疗有特效；③凝血机制正常，没有DIC现象，不需要抗凝治疗。
3.黄疸出血型 原称外耳病，多由黄疸出血血清型钩体引起。临床以黄疸出血为主，病死率较高。本型可分为3期，即败血症期、黄疸期和恢复期。于病后3～7天出现黄疸，80%病例伴有不同程度的出血症状，常见有鼻衂、皮肤和粘膜瘀点、瘀斑、咯血、尿血、阴道流血、呕血，严重者消化道出血引起休克而死亡，少数患者在黄疸高峰时同时出现肺大出血，但不知无黄疸型的肺大出血急剧凶险。本型的肝脏和肾脏损害是主要的，高胆红素血症，一般总胆红素超过正常5倍以上，而AST很少超过5倍以上。70%～80%的病例累及肾脏，肾脏变化轻重不一，轻者为蛋白尿、血尿、少量白细胞及管型。病期10天左右即趋正常。严重者发生肾功能不全、少尿或无尿、酸中毒、尿毒症昏迷，甚至死亡。肾功能衰竭是黄疸出血型常见的死因，约占死亡病例的60%～70%.本型20%～30%的病例尚可出现脑膜刺激症状。
4.肾功能衰竭型 临床症状以肾脏损害较突出，表现为蛋白尿、血尿、管型尿、少尿、尿闭，出现不同程度的氮质血症、酸中毒。氮质血症一般在病期第3天开始，7～9日达高峰，3周后恢复正常。本型无黄疸，故易与黄疸出血型的肾功能衰竭鉴别。严重病例可因肾功能衰竭而死亡。
5.脑膜脑炎型 在散发型无菌性脑膜炎病例中，钩体病脑膜炎型约占5%～13%.临床上以脑炎或脑膜炎症状为特征，剧烈头痛、全身酸痛、呕吐、腓肠肌痛、腹泻、烦躁不安、神志不清、颈项强直和阳性的克氏征等。在免疫期前脑脊液中细胞数可以不高，一般10～几百/mm3，偶尔可达1000/mm3；蛋白反应呈弱阳性；糖和氯化物往往正常。临床上类似于无菌性脑膜炎。
