乡镇企业的职业性有害因素类型及所致的职业性危害基本与城市工业相同。但由于其发展的背景和特殊环境，决定了其职业卫生问题的特点。
1.发展速度快、地域广泛 随着“农转非”及农村剩余劳动力的增加，越来越多的从事传统农业生产的农民参加全职的或非全职的乡镇企业劳动，正面临着来自农业和工业生产的职业卫生问题。
2.乡镇企业的工作环境多因陋就简 大多数的乡镇企业起步阶段，资金不足，生产工艺落后，一般缺乏必要的防护设施和常规的车间空气监测制度。因此工作环境的卫生质量很差。据1990年的调查资料显示：82%的厂矿企业存在不同程度的职业危害，其尘、毒、噪声的作业点总合格率仅为36.9%，约为国有企业和县以上集体企业总合格率的1/2.34%的乡镇企业工人从事有毒有害作业，职业病的检出率为4.4%，慢性职业中毒的检出率2.18%，为城市工业的6倍。60%的有毒有害厂矿企业缺乏防护设施，40%以上的厂矿没有安全技术人员。
3.管理水平低 乡镇企业多缺乏专业的职业卫生管理人员，企业负责人及职工的职业危害意识及法制观念淡薄，缺乏必要的职业卫生服务和管理措施，安全和卫生事故时有发生。
5.产品及职工变动大 乡镇企业的产品多变、工艺、材料多不固定，难以及时采取相应的防护设施。另因外来工、季节工等职工不固定，也造成了职工安全卫生培训、健康监护档案建立、健康随访方面的困难。
6.缺乏必要的医疗卫生服务 我国绝大多数乡镇企业职工还未能享有劳保医疗服务，又缺乏长期有效的卫生保健措施，属于WHO所认定的“缺乏医疗保健照料”的人群。乡镇企业的医疗卫生服务人员、设施和网络均与城市工业有较大的差距。
