肠道病毒感染临床表现复杂多变，病情轻重差别甚大。同型病毒可引起不同的临床症候群，而不同型的病毒又可引起相似的临床表现。
（一）呼吸道感染 埃可病毒及柯萨奇病毒的很多型均可引起，以上呼吸道感染为常见，也可引起婴儿肺炎等下呼吸道感染。肠道病毒68型可引起小儿毛细支气管炎和肺炎。
（二）疱疹性咽峡炎 主要由柯萨奇A群及B群病毒引起，埃可病毒引起较少。本病遍及世界各地，呈散发或流行，但以夏秋季多见。传染性很强。潜伏期平均4天左右，表现为发热、咽痛、咽部充血、咽部有散在灰白色丘疱疹，直径1～2mm，四周有红晕，疱疹破溃后形成黄色溃疡，多见于扁桃体、软腭和悬雍垂。一般4～6日后自愈。
（三）出疹性疾病 又称流行性皮疹病，柯萨奇病毒及埃可病毒均可引起。多见于婴儿及儿童，成人较少见。潜伏期3～6天。出疹前多有上呼吸道症状如发热、咽痛等。皮疹于发热或热退时出现，呈多形性，有斑丘疹、斑疹、猩红热样皮疹、风疹样皮疹、疱疹及荨麻疹样等。不同形态的皮疹可同时存在或分批出现。可伴有全身或颈部及枕后淋巴结肿大。
（四）手足口病 主要由柯萨奇病毒A5、9、10、16型引起，尤以A16多见。多发生于5岁以下小儿，传染性强，可暴发流行或散发。初起低热、厌食、口痛等。口腔粘膜出现小疱疹，后破溃形成溃疡。多分布于后舌、颊及硬腭，亦可见于齿龈、扁桃体及咽部。多同时在手足皮肤出现斑丘疹，偶见于躯干、大腿及臀部。斑丘疹很快转为小疱疹，较水痘皮疹为小，2～3日内吸收，不留痂。预后良好，但可复发。有时可伴发无菌性脑膜炎、心肌炎等。
（五）脑膜炎、脑炎及瘫痪性疾病柯萨奇病毒A群、B群和埃可病毒的许多型以及肠道病毒71型均可引起此类疾病。
肠道病毒脑膜炎的临床表现与其它病毒引起者差异不大，有发热、头痛、呕吐、腹痛，肌痛等症状，常伴发皮疹，1～2天内出现脑膜刺激征。脑脊液细胞数增加达100～200，偶可高达1000以上，初以中性粒细胞占多数，后则以单核细胞为主。蛋白质略高，糖和氯化物正常。病程一般5～10天。
柯萨奇病毒A2、5、7、9及B2、3、4、均可引起脑炎，尤以埃可病毒4、6、9、11、30型亦可引起脑炎，埃可病毒9型多见。临床表现与乙型脑炎相似，但部分病例常伴有皮疹、心肌炎等。柯萨奇B群可在新生儿和婴儿中引起病情危重的广泛性脑炎，常伴心肌炎和肝炎。
肠道病毒引起的瘫痪临床表现与脊髓灰质炎相似，但瘫痪程度较轻，一般很快恢复，极少有后遗症。
（六）心脏疾患 主要由柯萨奇B群2～5型病毒引起，其它肠道病毒亦可引起。多见于新生儿及幼婴，年长儿童及成人也可发生，一般多先有短暂的发热、感冒症状，继而出现心脏症状。临床可分为以下几种类型：1.急性心功能衰竭 起病突然，阵咳、面色苍白、发绀及呼吸困难，迅速出现心衰。心电图可见严重的心肌损害。急性心包炎可伴随心肌炎发生或单独存在。2.猝死 常在夜间发生，多因急性心肌缺血、梗死或坏死性炎症所致。3.心律失常可出现过早搏动，心动过速或各类传导阻滞，呈一过性或迁延不愈，甚至反复发作达数年之久。4.慢性心肌病柯萨奇B群病毒引起的亚急性或慢性心脏病变，可导致弹力纤维增生症，慢性心肌病，狭窄性心包炎等。胎儿期感染可引起先天性心脏病如先天性钙化性全心炎等。
（七）流行性肌痛或流行性胸痛大多数由柯萨奇B群病毒引起。主要表现为发热和阵发性肌痛，可累及全身肌肉，而以胸腹部多见，尤膈肌最易受累。肌痛轻重不一，活动时疼痛加剧。病程一周左右，多能自愈。
（九）急性流行性眼结膜炎 又称急性出血性结膜炎，为肠道病毒70型所致。本病传染性强，常发生暴发流行，人群普遍易感。潜伏期24小时左右。临床主要表现为急性眼结膜炎，眼睑红肿，结膜充血、流泪、可有脓性分泌物及结膜下出血，但极少累及巩膜和虹膜，大多在1～2周内自愈。
（十）其它 肠道病毒尚可侵犯腮腺、肝脏、胰腺、睾丸等器官，引起相应的临床表现。近年来认为，肠道病毒感染与肾炎、溶血-尿毒综合征，Reye综合征及糖尿病等也有一定关系。
